segmentation/clitkExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTAIRWAYTREEINFOSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTAIRWAYTREEINFOSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractAirwaysTreeInfo")
  28 {
  29   this->SetFilterBase(NULL);
  30   // Default values
  31   cmdline_parser_clitkExtractAirwaysTreeInfo_init(&mArgsInfo);
  32   InitializeImageType<3>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ArgsInfoType>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void clitk::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.input_given)  AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class FilterType>
  65 void clitk::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter<ArgsInfoType>::
  66 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  67 {
  68   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOption_flag);
  69   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  70   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  71   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  72   if (mArgsInfo.afdb_given)
  73     f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template<class ArgsInfoType>
  82 template<class ImageType>
  83 void clitk::ExtractAirwaysTreeInfoGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  84 {
  85   // Reading input
  86   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  87
  88   // Create filter
  89   typedef clitk::ExtractAirwaysTreeInfoFilter<ImageType> FilterType;
  90   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  91
  92   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
  93   this->SetFilterBase(filter);
  94
  95   // Set global Options
  96   filter->SetInput(input);
  97   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  98
  99   // Go !
 100   filter->Update();
 101
 102   // Write/Save results
 103   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 104   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 105   filter->WriteAFDB();
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109 #endif //#define CLITKEXTRACTAIRWAYTREEINFOSGENERICFILTER_TXX