segmentation/clitkExtractBonesGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractBonesGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractBones")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractBones_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  43   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class ArgsInfoType>
  50 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  55   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  56   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 template<class ArgsInfoType>
  63 template<class FilterType>
  64 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::
  65 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  66 {
  67   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOption_flag);
  68   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  69   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  70   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  71   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  72
  73   if (mArgsInfo.afdb_given)
  74     f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  75
  76   f->SetOutputBonesFilename(mArgsInfo.output_arg);
  77
  78   f->SetInitialSmoothing(mArgsInfo.smooth_flag);
  79   f->SetSmoothingConductanceParameter(mArgsInfo.cond_arg);
  80   f->SetSmoothingNumberOfIterations(mArgsInfo.iter_arg);
  81   f->SetSmoothingTimeStep(mArgsInfo.time_arg);
  82   f->SetSmoothingUseImageSpacing(mArgsInfo.spacing_flag);
  83
  84   f->SetMinimalComponentSize(mArgsInfo.minSize_arg);
  85   f->SetUpperThreshold1(mArgsInfo.upper1_arg);
  86   f->SetLowerThreshold1(mArgsInfo.lower1_arg);
  87   f->SetFullConnectivity(mArgsInfo.full_flag);
  88
  89   f->SetUpperThreshold2(mArgsInfo.upper2_arg);
  90   f->SetLowerThreshold2(mArgsInfo.lower2_arg);
  91
  92   typename FilterType::InputImageSizeType s;
  93   if (mArgsInfo.radius2_given) {
  94     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius2, s, 3, false);
  95     f->SetRadius2(s);
  96   }
  97
  98   f->SetSampleRate2(mArgsInfo.sampleRate2_arg);
  99   f->SetAutoCrop(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
 100   f->SetFillHoles(!mArgsInfo.doNotFillHoles_flag);
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108 template<class ArgsInfoType>
 109 template<class ImageType>
 110 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 111 {
 112   // Mask & output image type
 113   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> MaskImageType;
 114
 115   // Reading input
 116   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 117
 118   // Create filter
 119   typedef clitk::ExtractBonesFilter<ImageType> FilterType;
 120   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 121
 122   // Set global Options
 123   filter->SetInput(input);
 124   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 125
 126   // Go !
 127   filter->Update();
 128
 129   // Write/Save results
 130   typename MaskImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 131   this->template SetNextOutput<MaskImageType>(output);
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135 #endif //#define CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX