segmentation/clitkExtractLymphStation_3A.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18
  19 #include <itkBinaryDilateImageFilter.h>
  20 #include <itkMirrorPadImageFilter.h>
  21
  22 //--------------------------------------------------------------------
  23 template <class ImageType>
  24 void
  25 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  26 ExtractStation_3A_SetDefaultValues()
  27 {
  28 }
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 template <class ImageType>
  34 void
  35 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  36 ExtractStation_3A_SI_Limits()
  37 {
  38   // Apex of the chest or Sternum & Carina.
  39   StartNewStep("[Station 3A] Inf/Sup limits with Sternum and Carina");
  40
  41   // Get Carina position (has been determined in Station8)
  42   m_CarinaZ = GetAFDB()->GetDouble("CarinaZ");
  43
  44   // Get Sternum and search for the upper position
  45   MaskImagePointer Sternum = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Sternum");
  46
  47   // Search most sup point
  48   MaskImagePointType ps = Sternum->GetOrigin(); // initialise to avoid warning
  49   clitk::FindExtremaPointInAGivenDirection<MaskImageType>(Sternum, GetBackgroundValue(), 2, false, ps);
  50   double m_SternumZ = ps[2]+Sternum->GetSpacing()[2]; // One more slice, because it is below this point
  51
  52   //* Crop support :
  53   m_Working_Support =
  54     clitk::CropImageAlongOneAxis<MaskImageType>(m_Working_Support, 2,
  55                                                 m_CarinaZ, m_SternumZ, true,
  56                                                 GetBackgroundValue());
  57
  58   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  59   m_ListOfStations["3A"] = m_Working_Support;
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template <class ImageType>
  66 void
  67 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  68 ExtractStation_3A_Ant_Limits()
  69 {
  70   StartNewStep("[Station 3A] Ant limits with Sternum");
  71
  72   // Get Sternum, keep posterior part.
  73   MaskImagePointer Sternum = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Sternum");
  74   m_Working_Support =
  75     clitk::SliceBySliceRelativePosition<MaskImageType>(m_Working_Support, Sternum, 2,
  76                                                        0.5, "PostTo",
  77                                                        false, 3, true, false);
  78   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  79   m_ListOfStations["3A"] = m_Working_Support;
  80 }
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82
  83