segmentation/clitkExtractLymphStation_3P.txx

   1
   2 //--------------------------------------------------------------------
   3 template <class ImageType>
   4 void
   5 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
   6 ExtractStation_3P_SetDefaultValues()
   7 {
   8 }
   9 //--------------------------------------------------------------------
  10
  11
  12 //--------------------------------------------------------------------
  13 template <class TImageType>
  14 void
  15 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  16 ExtractStation_3P()
  17 {
  18   if (!CheckForStation("3P")) return;
  19
  20   StartNewStep("Station 3P");
  21   StartSubStep();
  22
  23   // Get the current support
  24   StartNewStep("[Station 3P] Get the current 3P suppport");
  25   m_Working_Support = m_ListOfSupports["S3P"];
  26   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  27   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  28
  29   // Generic RelativePosition processes
  30   m_ListOfStations["3P"] = this->ApplyRelativePositionList("Station_3P", m_ListOfStations["3P"]);
  31   m_Working_Support = m_ListOfStations["3P"];
  32   ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // YES 8 !
  33   ExtractStation_3P_Remove_Structures(); // after CCL
  34   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  35
  36   // Old stuff
  37   // LR limits superiorly => not here for the moment because not clear in the def
  38   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2(); //TODO
  39   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();   // old version to change
  40   // ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();  // <-- done in RelPosList
  41
  42   // Store image filenames into AFDB
  43   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
  44   GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
  45   WriteAFDB();
  46   StopSubStep();
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template <class ImageType>
  53 void
  54 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  55 ExtractStation_3P_Remove_Structures()
  56 {
  57   StartNewStep("[Station 3P] Remove some structures.");
  58   Remove_Structures("3P", "Esophagus");
  59   Remove_Structures("3P", "Thyroid");
  60   Remove_Structures("3P", "VertebralArtery"); // (inside the station)
  61   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  62   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  63 }
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template <class ImageType>
  69 void
  70 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  71 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits()
  72 {
  73   /*
  74     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
  75     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
  76     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
  77     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
  78
  79     sup :
  80     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
  81     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
  82     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
  83     prendre la 1ère à L et R, not at Left
  84
  85   */
  86   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
  87
  88   // Load structures
  89   MaskImagePointer Trachea = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Trachea");
  90   MaskImagePointer SubclavianArtery = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("SubclavianArtery");
  91
  92   // Crop like current support
  93   Trachea = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(Trachea, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  94   SubclavianArtery = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(SubclavianArtery, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  95
  96   // writeImage<MaskImageType>(Trachea, "tr.mhd");
  97   // writeImage<MaskImageType>(SubclavianArtery, "sca.mhd");
  98
  99   // Get list of slices
 100   std::vector<MaskSlicePointer> slices_support;
 101   std::vector<MaskSlicePointer> slices_trachea;
 102   std::vector<MaskSlicePointer> slices_subclavianartery;
 103   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(m_Working_Support, 2, slices_support);
 104   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(Trachea, 2, slices_trachea);
 105   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(SubclavianArtery, 2, slices_subclavianartery);
 106
 107   // Loop on slices
 108   std::vector<MaskImagePointType> points;
 109   MaskImagePointType p;
 110   for(uint i=0; i<slices_support.size(); i++) {
 111     // Get Trachea centroid
 112     std::vector<typename MaskSliceType::PointType> centroids;
 113     typename MaskSliceType::PointType c;
 114     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_trachea[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 115     c = centroids[1];
 116
 117     // [debug] Store point
 118     clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[1], Trachea, i, p);
 119     points.push_back(p);
 120
 121     // Get Right and Left CCL in SubclavianArtery
 122     slices_subclavianartery[i] = Labelize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], 0, true, 10);
 123     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 124
 125     if (centroids.size() > 1) {
 126       // Determine the one at Right/Left -> first after Trachea
 127       // centroid
 128       typename MaskSliceType::PointType right;
 129       typename MaskSliceType::PointType left;
 130       int label_right=-1;
 131       int label_left=-1;
 132       right[0] = c[0]-100;
 133       left[0] = c[0]+100;
 134       for(uint j=1; j<centroids.size(); j++) {
 135         if (centroids[j][0] < c[0]) { // At Right of Trachea centroid
 136           if (centroids[j][0] >= right[0]) {
 137             right = centroids[j];
 138             label_right = j;
 139           }
 140         }
 141         if (centroids[j][0] > c[0]) { // At Left of Trachea centroid
 142           if (centroids[j][0] <= left[0]) {
 143             left = centroids[j];
 144             label_left = j;
 145           }
 146         }
 147       }
 148
 149       if (label_right != -1) {
 150
 151         // Debug points
 152         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_right], SubclavianArtery, i, p);
 153         points.push_back(p);
 154
 155         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 156         MaskSlicePointer object =
 157           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_right, label_right,
 158                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 159
 160         // Relative Position : not at Right
 161         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 162         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 163         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 164         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 165         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 166         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 167         relPosFilter->SetInputObject(object);
 168         relPosFilter->AddOrientationTypeString("RightTo");
 169         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 170         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 171         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 172         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 173         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 174         relPosFilter->Update();
 175         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 176
 177         // Relative Position : not Anterior
 178         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 179         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 180         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 181         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 182         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 183         relPosFilter->SetInputObject(object);
 184         relPosFilter->AddOrientationTypeString("AntTo");
 185         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 186         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 187         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 188         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 189         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 190         relPosFilter->Update();
 191         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 192
 193       } // End RelativePosition for Right
 194
 195
 196       if (label_left != -1) {
 197
 198         // Debug points
 199         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_left], SubclavianArtery, i, p);
 200         points.push_back(p);
 201
 202         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 203         MaskSlicePointer object =
 204           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_left, label_left,
 205                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 206
 207         // Relative Position : not at Right
 208         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 209         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 210         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 211         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 212         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 213         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 214         relPosFilter->SetInputObject(object);
 215         relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 216         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 217         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 218         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 219         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 220         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 221         relPosFilter->Update();
 222         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 223
 224         // Relative Position : not Anterior
 225         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 226         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 227         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 228         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 229         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 230         relPosFilter->SetInputObject(object);
 231         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 232         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 233         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 234         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 235         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 236         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 237         relPosFilter->Update();
 238         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 239
 240       }
 241
 242
 243     } // if centroids.size > 1
 244   } // End loop slices
 245
 246   // Joint slices
 247   m_Working_Support = clitk::JoinSlices<MaskImageType>(slices_support, m_Working_Support, 2);
 248
 249   // Save list points
 250   clitk::WriteListOfLandmarks<MaskImageType>(points, "subcl-lr.txt");
 251
 252
 253   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 254   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 255 }
 256 //--------------------------------------------------------------------
 257
 258 //--------------------------------------------------------------------
 259 template <class ImageType>
 260 void
 261 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 262 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2()
 263 {
 264   /*
 265     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 266     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 267     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 268     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 269
 270     sup :
 271     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
 272     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
 273     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
 274     prendre la 1ère à L et R, not at Left
 275
 276   */
 277   //  StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
 278
 279
 280 }
 281 //--------------------------------------------------------------------
 282