segmentation/clitkExtractLymphStation_Supports.txx

   1
   2 #include <itkBinaryDilateImageFilter.h>
   3 #include <itkMirrorPadImageFilter.h>
   4
   5 //--------------------------------------------------------------------
   6 template <class ImageType>
   7 void
   8 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
   9 ExtractStationSupports()
  10 {
  11   DD("ExtractStationSupports");
  12
  13   // Get initial Mediastinum
  14   m_Working_Support = m_Mediastinum = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Mediastinum", true);
  15
  16   // Superior limits: CricoidCartilag
  17   // Inferior limits: lung
  18   //  (the Mediastinum support already stop at this limit)
  19
  20   // Consider above Carina
  21   m_CarinaZ = FindCarinaSlicePosition();
  22   MaskImagePointer m_Support_Superior_to_Carina =
  23     clitk::CropImageRemoveLowerThan<MaskImageType>(m_Working_Support, 2,
  24                                                    m_CarinaZ, true, GetBackgroundValue());
  25   MaskImagePointer m_Support_Inferior_to_Carina =
  26     clitk::CropImageRemoveGreaterThan<MaskImageType>(m_Working_Support, 2,
  27                                                      m_CarinaZ, true, GetBackgroundValue());
  28
  29   // Consider only Superior to Carina
  30   m_Working_Support = m_Support_Superior_to_Carina;
  31
  32   // Step : S1RL
  33   StartNewStep("[Support] sup-inf S1RL");
  34   /*
  35     Lower border: clavicles bilaterally and, in the midline, the upper
  36     border of the manubrium, 1R designates right-sided nodes, 1L,
  37     left-sided nodes in this region
  38
  39     2R: Upper border: apex of the right lung and pleural space, and in
  40     the midline, the upper border of the manubrium
  41
  42     2L: Upper border: apex of the left lung and pleural space, and in the
  43     midline, the upper border of the manubrium
  44   */
  45
  46
  47
  48
  49
  50
  51
  52
  53
  54   // //  LeftRight cut along trachea
  55   // MaskImagePointer Trachea = GetAFDB()->GetImage("Trachea");
  56   // // build a ant-post line for each slice
  57
  58   // MaskImagePointer m_Support_SupRight =
  59   //   clitk::CropImageRemoveLowerThan<MaskImageType>(m_Working_Support, 2,
  60   //                                                  m_CarinaZ, true, GetBackgroundValue());
  61
  62
  63
  64
  65
  66   // Store image filenames into AFDB
  67   m_ListOfSupports["S1R"] = m_Working_Support;
  68   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfSupports["S1R"], "seg/Support_S1R.mhd");
  69   GetAFDB()->SetImageFilename("Support_S1R", "seg/Support_S1R.mhd");
  70   WriteAFDB();
  71 }
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73
  74