segmentation/clitkExtractLymphStations.ggo

   1 #File clitkExtractLymphStations.ggo
   2 package "clitkExtractLymphStations"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract LymphStations with help of TODO"
   5
   6 option "config"             - "Config file"                 string no
   7 option "imagetypes"         - "Display allowed image types" flag   off
   8 option "verbose"            v "Verbose"                     flag   off
   9 option "verboseStep"        - "Verbose each step"           flag   off
  10 option "writeStep"          w "Write image at each step"    flag   off
  11 option "verboseOption"      - "Display options values"      flag   off
  12 option "verboseWarningOff"  - "Do not display warning"      flag   off
  13 option "verboseMemory"      - "Display memory usage"        flag   off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "afdb"       a "Input Anatomical Feature DB"  string no
  18 option "afdb_path"  p "Input path for image in AFDB" string default="./" no
  19 option "input"      i "Input filename"               string no
  20 option "support_limits" - "Filename to read the support limits"                           string yes
  21 option "check_support_limits" - "Display stat on the support limits" flag off
  22 option "output"     o "Output lungs mask filename"   string no
  23
  24 section "Options for all stations"
  25 option "force_support"  - "Force to compute all supports even if already available"       flag   off
  26 option "station"        - "Force to compute this station even if already exist in the DB" string no multiple
  27 option "relpos"         - "List of filenames for relativeposition operations"             string no multiple
  28
  29
  30
  31 # section "Options for Station 3A"
  32 # section "Options for Station 2RL"
  33 # section "Options for Station 1RL"
  34
  35 section "Options for Station 8"
  36 option "S8_esophagusDilatationForAnt" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'anterior' limits (default=15,2,1)" double no multiple
  37 option "S8_esophagusDilatationForRight" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'right' limits (default=5,10,1)" double no multiple
  38 option "S8_ft_Esophagus" - "Fuzzy Threshold for 'Post' to dilated Esophagus" double default="0.5" no
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  40 section "Options for Station 7"
  41 option "S7_ft_Bronchi" - "Fuzzy Threshold for Left/Right bronchi" double default="0.1" no
  42 option "S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for LeftSuperiorPulmonaryVein" double default="0.3" no
  43 option "S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for RightSuperiorPulmonaryVein" double default="0.2" no
  44 option "S7_ft_RightPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for RightPulmonaryArtery" double default="0.3" no
  45 option "S7_ft_LeftPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for LeftPulmonaryArtery (NOT USEFUL YET)" double default="0.5" no
  46 option "S7_ft_SVC" - "Fuzzy Threshold for SVC" double default="0.2" no
  47 option "S7_UseMostInferiorPartOnly" - "Inferior separation with S8." flag off
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