segmentation/clitkExtractLymphStations.ggo

   1 #File clitkExtractLymphStations.ggo
   2 package "clitkExtractLymphStations"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract LymphStations with help of TODO"
   5
   6 option "config" - "Config file" string no
   7 option "imagetypes" - "Display allowed image types" flag off
   8 option "verbose" v "Verbose" flag off
   9 option "verboseStep" - "Verbose each step" flag off
  10 option "writeStep" w "Write image at each step" flag off
  11 option "verboseOption" - "Display options values" flag off
  12 option "verboseWarningOff" - "Do not display warning" flag off
  13 option "verboseMemory" - "Display memory usage" flag off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "afdb" a "Input Anatomical Feature DB" string no
  18 option "input" i "Input filename" string no
  19 option "output" o "Output lungs mask filename" string no
  20
  21 section "Options for all stations"
  22 option "station" - "Force to compute station even if already exist in the DB" string no multiple
  23 option "nosupport" - "Do not recompute the station supports if already available" flag off
  24 option "relpos" - "List of filenames for relativeposition operations" string no multiple
  25
  26 # section "Options for Station 3A"
  27 # section "Options for Station 2RL"
  28 # section "Options for Station 1RL"
  29
  30 section "Options for Station 8"
  31 option "S8_esophagusDilatationForAnt" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'anterior' limits (default=15,2,1)" double no multiple
  32 option "S8_esophagusDilatationForRight" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'right' limits (default=5,10,1)" double no multiple
  33 option "S8_ft_Esophagus" - "Fuzzy Threshold for 'Post' to dilated Esophagus" double default="0.5" no
  34
  35 section "Options for Station 7"
  36 option "S7_ft_Bronchi" - "Fuzzy Threshold for Left/Right bronchi" double default="0.1" no
  37 option "S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for LeftSuperiorPulmonaryVein" double default="0.3" no
  38 option "S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for RightSuperiorPulmonaryVein" double default="0.2" no
  39 option "S7_ft_RightPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for RightPulmonaryArtery" double default="0.3" no
  40 option "S7_ft_LeftPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for LeftPulmonaryArtery (NOT USEFUL YET)" double default="0.5" no
  41 option "S7_ft_SVC" - "Fuzzy Threshold for SVC" double default="0.2" no
  42 option "S7_UseMostInferiorPartOnly" - "Inferior separation with S8." flag off
  43