segmentation/clitkExtractLymphStationsFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkExtractLymphStationsFilter.h"
  25 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  26 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  27 #include "clitkAutoCropFilter.h"
  28 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  29 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h"
  30
  31 // itk
  32 #include <itkStatisticsLabelMapFilter.h>
  33 #include <itkLabelImageToStatisticsLabelMapFilter.h>
  34 #include <itkRegionOfInterestImageFilter.h>
  35 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
  36 #include <itkImageSliceConstIteratorWithIndex.h>
  37 #include <itkImageSliceIteratorWithIndex.h>
  38 #include <itkBinaryThinningImageFilter.h>
  39
  40 // itk ENST
  41 #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template <class TImageType>
  45 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  46 ExtractLymphStationsFilter():
  47   clitk::FilterBase(),
  48   clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement(),
  49   itk::ImageToImageFilter<TImageType, MaskImageType>()
  50 {
  51   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  52   SetBackgroundValue(0);
  53   SetForegroundValue(1);
  54
  55   // Default values
  56   ExtractStation_8_SetDefaultValues();
  57   ExtractStation_3P_SetDefaultValues();
  58   ExtractStation_3A_SetDefaultValues();
  59   ExtractStation_7_SetDefaultValues();
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template <class TImageType>
  66 void
  67 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  68 GenerateOutputInformation() {
  69   // Get inputs
  70   LoadAFDB();
  71   m_Input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  72   m_Mediastinum = GetAFDB()->template GetImage <MaskImageType>("Mediastinum");
  73
  74   // Extract Station8
  75   StartNewStep("Station 8");
  76   StartSubStep();
  77   ExtractStation_8();
  78   StopSubStep();
  79
  80   // Extract Station3P
  81   StartNewStep("Station 3P");
  82   StartSubStep();
  83   ExtractStation_3P();
  84   StopSubStep();
  85
  86   // Extract Station3A
  87   StartNewStep("Station 3A");
  88   StartSubStep();
  89   ExtractStation_3A();
  90   StopSubStep();
  91
  92   // Extract Station7
  93   StartNewStep("Station 7");
  94   StartSubStep();
  95   ExtractStation_7();
  96   StopSubStep();
  97
  98   if (0) { // temporary suppress
  99     // Extract Station4RL
 100     StartNewStep("Station 4RL");
 101     StartSubStep();
 102     //ExtractStation_4RL();
 103     StopSubStep();
 104   }
 105
 106
 107   //
 108   //  typedef clitk::BooleanOperatorLabelImageFilter<MaskImageType> BFilter;
 109   //BFilter::Pointer merge = BFilter::New();
 110   // writeImage<MaskImageType>(m_Output, "ouput.mhd");
 111   //writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "ws.mhd");
 112   /*merge->SetInput1(m_Station7);
 113     merge->SetInput2(m_Station4RL); // support
 114     merge->SetOperationType(BFilter::AndNot); CHANGE OPERATOR
 115     merge->SetForegroundValue(4);
 116     merge->Update();
 117     m_Output = merge->GetOutput();
 118   */
 119 }
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 template <class TImageType>
 125 void
 126 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 127 GenerateInputRequestedRegion() {
 128   //DD("GenerateInputRequestedRegion (nothing?)");
 129 }
 130 //--------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134 template <class TImageType>
 135 void
 136 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 137 GenerateData() {
 138   // Final Step -> graft output (if SetNthOutput => redo)
 139   this->GraftOutput(m_ListOfStations["8"]);
 140 }
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142
 143
 144 //--------------------------------------------------------------------
 145 template <class TImageType>
 146 bool
 147 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 148 CheckForStation(std::string station)
 149 {
 150   // Compute Station name
 151   std::string s = "Station"+station;
 152
 153
 154   // Check if station already exist in DB
 155   bool found = false;
 156   if (GetAFDB()->TagExist(s)) {
 157     m_ListOfStations[station] = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>(s);
 158     found = true;
 159   }
 160
 161   // Define the starting support
 162   if (found && GetComputeStation(station)) {
 163     std::cout << "Station " << station << " already exists, but re-computation forced." << std::endl;
 164   }
 165   if (!found || GetComputeStation(station)) {
 166     m_Working_Support = m_Mediastinum = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Mediastinum", true);
 167     return true;
 168   }
 169   else {
 170     std::cout << "Station " << station << " found. I used it" << std::endl;
 171     return false;
 172   }
 173 }
 174 //--------------------------------------------------------------------
 175
 176
 177 //--------------------------------------------------------------------
 178 template <class TImageType>
 179 bool
 180 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 181 GetComputeStation(std::string station)
 182 {
 183   return (m_ComputeStationMap.find(station) != m_ComputeStationMap.end());
 184 }
 185 //--------------------------------------------------------------------
 186
 187
 188 //--------------------------------------------------------------------
 189 template <class TImageType>
 190 void
 191 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 192 AddComputeStation(std::string station)
 193 {
 194   m_ComputeStationMap[station] = true;
 195 }
 196 //--------------------------------------------------------------------
 197
 198
 199 //--------------------------------------------------------------------
 200 template <class TImageType>
 201 void
 202 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 203 ExtractStation_8()
 204 {
 205   if (CheckForStation("8")) {
 206     ExtractStation_8_SI_Limits();
 207     ExtractStation_8_Post_Limits();
 208     ExtractStation_8_Ant_Sup_Limits();
 209     ExtractStation_8_Ant_Inf_Limits();
 210     ExtractStation_8_LR_1_Limits();
 211     ExtractStation_8_LR_2_Limits();
 212     ExtractStation_8_LR_Limits();
 213     ExtractStation_8_Ant_Injected_Limits();
 214     ExtractStation_8_Single_CCL_Limits();
 215     ExtractStation_8_Remove_Structures();
 216     // Store image filenames into AFDB
 217     writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["8"], "seg/Station8.mhd");
 218     GetAFDB()->SetImageFilename("Station8", "seg/Station8.mhd");
 219     WriteAFDB();
 220   }
 221 }
 222 //--------------------------------------------------------------------
 223
 224
 225 //--------------------------------------------------------------------
 226 template <class TImageType>
 227 void
 228 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 229 ExtractStation_3P()
 230 {
 231   if (CheckForStation("3P")) {
 232     ExtractStation_3P_SI_Limits();
 233     ExtractStation_3P_Ant_Limits();
 234     ExtractStation_3P_Post_Limits();
 235     ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();
 236     //    ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2();
 237     ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();
 238     ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // YES 8 !
 239     ExtractStation_3P_Remove_Structures(); // after CCL
 240     // Store image filenames into AFDB
 241     writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
 242     GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
 243     WriteAFDB();
 244   }
 245 }
 246 //--------------------------------------------------------------------
 247
 248
 249 //--------------------------------------------------------------------
 250 template <class TImageType>
 251 void
 252 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 253 ExtractStation_7() {
 254   if (CheckForStation("7")) {
 255   ExtractStation_7_SI_Limits();
 256   ExtractStation_7_RL_Limits();
 257   ExtractStation_7_Posterior_Limits();
 258   //  ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // Yes the same than 8
 259   ExtractStation_7_Remove_Structures();
 260   // Store image filenames into AFDB
 261   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["7"], "seg/Station7.mhd");
 262   GetAFDB()->SetImageFilename("Station7", "seg/Station7.mhd");
 263   WriteAFDB();
 264   }
 265 }
 266 //--------------------------------------------------------------------
 267
 268
 269 //--------------------------------------------------------------------
 270 template <class TImageType>
 271 void
 272 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 273 ExtractStation_3A()
 274 {
 275   if (CheckForStation("3A")) {
 276     ExtractStation_3A_SI_Limits();
 277     ExtractStation_3A_Ant_Limits();
 278     // Store image filenames into AFDB
 279     writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3A"], "seg/Station3A.mhd");
 280     GetAFDB()->SetImageFilename("Station3A", "seg/Station3A.mhd");
 281     WriteAFDB();
 282   }
 283 }
 284 //--------------------------------------------------------------------
 285
 286
 287 //--------------------------------------------------------------------
 288 template <class TImageType>
 289 void
 290 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 291 ExtractStation_4RL() {
 292   DD("TODO");
 293   exit(0);
 294   /*
 295     WARNING ONLY 4R FIRST !!! (not same inf limits)
 296   */
 297   ExtractStation_4RL_SI_Limits();
 298   ExtractStation_4RL_LR_Limits();
 299   ExtractStation_4RL_AP_Limits();
 300 }
 301 //--------------------------------------------------------------------
 302
 303
 304 //--------------------------------------------------------------------
 305 template <class ImageType>
 306 void
 307 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 308 Remove_Structures(std::string s)
 309 {
 310   try {
 311     StartNewStep("[Station7] Remove "+s);
 312     MaskImagePointer Structure = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>(s);
 313     clitk::AndNot<MaskImageType>(m_Working_Support, Structure, GetBackgroundValue());
 314   }
 315   catch(clitk::ExceptionObject e) {
 316     std::cout << s << " not found, skip." << std::endl;
 317   }
 318 }
 319 //--------------------------------------------------------------------
 320
 321
 322
 323 #endif //#define CLITKBOOLEANOPERATORLABELIMAGEFILTER_TXX