segmentation/clitkExtractLymphStationsFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkExtractLymphStationsFilter.h"
  25 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  26 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  27 #include "clitkAutoCropFilter.h"
  28 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  29 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h"
  30
  31 // itk
  32 #include <itkStatisticsLabelMapFilter.h>
  33 #include <itkLabelImageToStatisticsLabelMapFilter.h>
  34 #include <itkRegionOfInterestImageFilter.h>
  35 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
  36 #include <itkImageSliceConstIteratorWithIndex.h>
  37 #include <itkImageSliceIteratorWithIndex.h>
  38 #include <itkBinaryThinningImageFilter.h>
  39
  40 // itk ENST
  41 #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template <class TImageType>
  45 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  46 ExtractLymphStationsFilter():
  47   clitk::FilterBase(),
  48   clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement(),
  49   itk::ImageToImageFilter<TImageType, MaskImageType>()
  50 {
  51   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  52   SetBackgroundValue(0);
  53   SetForegroundValue(1);
  54
  55   // Default values
  56   ExtractStation_8_SetDefaultValues();
  57   ExtractStation_3P_SetDefaultValues();
  58
  59   // Station 7
  60   SetFuzzyThreshold(0.5);
  61   SetStation7Filename("station7.mhd");
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template <class TImageType>
  68 void
  69 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  70 GenerateOutputInformation() {
  71   // Get inputs
  72   LoadAFDB();
  73   m_Input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  74   m_Mediastinum = GetAFDB()->template GetImage <MaskImageType>("Mediastinum");
  75
  76   // Extract Station8
  77   StartNewStep("Station 8");
  78   StartSubStep();
  79   ExtractStation_8();
  80   StopSubStep();
  81
  82   // Extract Station3P
  83   StartNewStep("Station 3P");
  84   StartSubStep();
  85   ExtractStation_3P();
  86   StopSubStep();
  87
  88   if (0) { // temporary suppress
  89     // Extract Station7
  90     StartNewStep("Station 7");
  91     StartSubStep();
  92     ExtractStation_7();
  93     StopSubStep();
  94
  95     // Extract Station4RL
  96     StartNewStep("Station 4RL");
  97     StartSubStep();
  98     //ExtractStation_4RL();
  99     StopSubStep();
 100   }
 101
 102
 103   //
 104   //  typedef clitk::BooleanOperatorLabelImageFilter<MaskImageType> BFilter;
 105   //BFilter::Pointer merge = BFilter::New();
 106   // writeImage<MaskImageType>(m_Output, "ouput.mhd");
 107   //writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "ws.mhd");
 108   /*merge->SetInput1(m_Station7);
 109     merge->SetInput2(m_Station4RL); // support
 110     merge->SetOperationType(BFilter::AndNot); CHANGE OPERATOR
 111     merge->SetForegroundValue(4);
 112     merge->Update();
 113     m_Output = merge->GetOutput();
 114   */
 115 }
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117
 118
 119 //--------------------------------------------------------------------
 120 template <class TImageType>
 121 void
 122 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 123 GenerateInputRequestedRegion() {
 124   //DD("GenerateInputRequestedRegion (nothing?)");
 125 }
 126 //--------------------------------------------------------------------
 127
 128
 129 //--------------------------------------------------------------------
 130 template <class TImageType>
 131 void
 132 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 133 GenerateData() {
 134   DD("GenerateData, graft output");
 135
 136   // Final Step -> graft output (if SetNthOutput => redo)
 137   this->GraftOutput(m_ListOfStations["8"]);
 138 }
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140
 141
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143 template <class TImageType>
 144 bool
 145 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 146 CheckForStation(std::string station)
 147 {
 148   // Compute Station name
 149   std::string s = "Station"+station;
 150
 151
 152   // Check if station already exist in DB
 153   bool found = false;
 154   if (GetAFDB()->TagExist(s)) {
 155     m_ListOfStations[station] = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>(s);
 156     found = true;
 157   }
 158
 159   // Define the starting support
 160   if (found && GetComputeStation(station)) {
 161     std::cout << "Station " << station << " already exists, but re-computation forced." << std::endl;
 162   }
 163   if (!found || GetComputeStation(station)) {
 164     m_Working_Support = m_Mediastinum = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Mediastinum", true);
 165     return true;
 166   }
 167   else {
 168     std::cout << "Station " << station << " found. I used it" << std::endl;
 169     return false;
 170   }
 171 }
 172 //--------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175 //--------------------------------------------------------------------
 176 template <class TImageType>
 177 bool
 178 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 179 GetComputeStation(std::string station)
 180 {
 181   return (m_ComputeStationMap.find(station) != m_ComputeStationMap.end());
 182 }
 183 //--------------------------------------------------------------------
 184
 185
 186 //--------------------------------------------------------------------
 187 template <class TImageType>
 188 void
 189 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 190 AddComputeStation(std::string station)
 191 {
 192   m_ComputeStationMap[station] = true;
 193 }
 194 //--------------------------------------------------------------------
 195
 196
 197 //--------------------------------------------------------------------
 198 template <class TImageType>
 199 void
 200 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 201 ExtractStation_8()
 202 {
 203   if (CheckForStation("8")) {
 204     ExtractStation_8_SI_Limits();
 205     ExtractStation_8_Post_Limits();
 206     ExtractStation_8_Ant_Sup_Limits();
 207     ExtractStation_8_Ant_Inf_Limits();
 208     ExtractStation_8_LR_1_Limits();
 209     ExtractStation_8_LR_2_Limits();
 210     ExtractStation_8_LR_Limits();
 211     ExtractStation_8_Ant_Injected_Limits();
 212     ExtractStation_8_Single_CCL_Limits();
 213     ExtractStation_8_Remove_Structures();
 214     // Store image filenames into AFDB
 215     writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["8"], "seg/Station8.mhd");
 216     GetAFDB()->SetImageFilename("Station8", "seg/Station8.mhd");
 217     WriteAFDB();
 218   }
 219 }
 220 //--------------------------------------------------------------------
 221
 222
 223 //--------------------------------------------------------------------
 224 template <class TImageType>
 225 void
 226 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 227 ExtractStation_3P()
 228 {
 229   if (CheckForStation("3P")) {
 230     ExtractStation_3P_SI_Limits();
 231     ExtractStation_3P_Remove_Structures();
 232     ExtractStation_3P_Ant_Limits();
 233     ExtractStation_3P_Post_Limits();
 234     ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();
 235     ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();
 236     // Store image filenames into AFDB
 237     writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
 238     GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
 239     WriteAFDB();
 240   }
 241 }
 242 //--------------------------------------------------------------------
 243
 244
 245 //--------------------------------------------------------------------
 246 template <class TImageType>
 247 void
 248 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 249 ExtractStation_7() {
 250   if (m_ListOfStations["7"]) {
 251     DD("Station 7 support already exist -> use it");
 252     m_Working_Support = m_ListOfStations["7"];
 253   }
 254   else m_Working_Support = m_Mediastinum;
 255   ExtractStation_7_SI_Limits();
 256   ExtractStation_7_RL_Limits();
 257   ExtractStation_7_Posterior_Limits();
 258 }
 259 //--------------------------------------------------------------------
 260
 261
 262 //--------------------------------------------------------------------
 263 template <class TImageType>
 264 void
 265 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
 266 ExtractStation_4RL() {
 267   /*
 268     WARNING ONLY 4R FIRST !!! (not same inf limits)
 269   */
 270   ExtractStation_4RL_SI_Limits();
 271   ExtractStation_4RL_LR_Limits();
 272   ExtractStation_4RL_AP_Limits();
 273 }
 274 //--------------------------------------------------------------------
 275
 276
 277 //--------------------------------------------------------------------
 278
 279
 280
 281 #endif //#define CLITKBOOLEANOPERATORLABELIMAGEFILTER_TXX