segmentation/clitkExtractLymphStationsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLymphStationsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLymphStations")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLymphStations_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  68   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  71   if (mArgsInfo.afdb_path_given) f->SetAFDBPath(mArgsInfo.afdb_path_arg);
  72   f->SetForceSupportsFlag(mArgsInfo.force_support_flag);
  73   f->SetSupportLimitsFilename(mArgsInfo.support_limits_arg);
  74   f->SetCheckSupportFlag(mArgsInfo.check_support_limits_flag);
  75
  76   // Station 8
  77   //f->SetDistanceMaxToAnteriorPartOfTheSpine(mArgsInfo.S8_maxAntSpine_arg);
  78   f->SetFuzzyThreshold("8", "Esophagus", mArgsInfo.S8_ft_Esophagus_arg);
  79   //  f->SetInjectedThresholdForS8(mArgsInfo.tS8_injectedThreshold_arg);
  80
  81   // Check multiple options for radius dilatation
  82   /*
  83     typename FilterType::MaskImagePointType p;
  84     SetMultipleOptionMacro(mArgsInfo, esophagusDilatation, 3, p);
  85     default ? = set before
  86     exception if fail
  87    */
  88   typename FilterType::MaskImagePointType p;
  89   p[0] = 7; p[1] = 5; p[2] = 0; // default value
  90   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 3) {
  91     for(uint i=0; i<3; i++)
  92       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[i];
  93   }
  94   else {
  95     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 1) {
  96       for(uint i=0; i<3; i++)
  97         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[0];
  98     }
  99   }
 100   f->SetEsophagusDiltationForAnt(p);
 101
 102   p[0] = 5; p[1] = 10; p[2] = 1; // default value
 103   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 3) {
 104     for(uint i=0; i<3; i++)
 105       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[i];
 106   }
 107   else {
 108     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 1) {
 109       for(uint i=0; i<3; i++)
 110         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[0];
 111     }
 112   }
 113   f->SetEsophagusDiltationForRight(p);
 114
 115   for(uint i=0; i<mArgsInfo.station_given; i++)
 116     f->AddComputeStation(mArgsInfo.station_arg[i]);
 117
 118   // Station 3A
 119
 120   // Station 7
 121   f->SetFuzzyThreshold("7", "Bronchi", mArgsInfo.S7_ft_Bronchi_arg);
 122   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein_arg);
 123   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein_arg);
 124   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_RightPulmonaryArtery_arg);
 125   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_LeftPulmonaryArtery_arg);
 126   f->SetFuzzyThreshold("7", "SVC", mArgsInfo.S7_ft_SVC_arg);
 127   f->SetS7_UseMostInferiorPartOnlyFlag(mArgsInfo.S7_UseMostInferiorPartOnly_flag);
 128
 129   // Station 2RL
 130
 131   // Station 1RL
 132
 133   // Set RelativePositionList filenames
 134   for(uint i=0; i<mArgsInfo.relpos_given; i++)
 135     f->AddRelativePositionListFilename(mArgsInfo.relpos_arg[i]);
 136 }
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138
 139
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143 template<class ArgsInfoType>
 144 template<class ImageType>
 145 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 146 {
 147   // Reading input
 148   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 149
 150   // Create filter
 151   typedef clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType> FilterType;
 152   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 153
 154   // Set global Options
 155   filter->SetInput(input);
 156   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 157
 158   // Go !
 159   filter->Update();
 160
 161   // Write/Save results
 162   typedef uchar MaskImagePixelType;
 163   typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 164   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 165   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 166 }
 167 //--------------------------------------------------------------------
 168
 169 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX