segmentation/clitkExtractMediastinalVessels.ggo

   1 #File clitkExtractMediastinalVessels.ggo
   2 package "clitkExtractMediastinalVessels"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract MediastinalVessels"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13 option "verboseMemory"     -  "Display memory usage"      flag          off
  14 option "verboseTracking"   -  "Verbose tracking"          flag          off
  15
  16 section "I/O"
  17
  18 option "afdb"          a        "Input Anatomical Feature DB"     string        yes
  19 option "input"         i        "Input CT filename"               string        yes
  20 option "output"        o        "Output filename"                 string        yes
  21 option "seed"          s        "Seed point name in AFDB"         string        yes
  22 option "name"          n        "Name of the vessels to sought"   string        yes
  23
  24 option "thresholdHigh" t        "Initial high threshold"          double default="140" no
  25 option "thresholdLow"  l        "Initial low threshold"           double default="55" no
  26 option "erode"         e        "Erosion radius in pixel"         int default="2" no
  27 option "dilate"        d        "Dilatation radius in pixel"      int default="9" no
  28 option "maxPost"       -        "Max distance post to Carina"     double default="10" no
  29 option "maxAnt"        -        "Max distance ant to Carina"      double default="40" no
  30 option "maxLeft"       -        "Max distance left to Carina"     double default="35" no
  31 option "maxRight"      -        "Max distance right to Carina"    double default="35" no
  32 option "bif"           -        "Max number of bifurcation during traking"    int default="0" no
  33 option "open"          -        "Final opening radius"            int default="1" no