segmentation/clitkExtractMediastinalVesselsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractMediastinalVessels")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractMediastinalVessels_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 template<class ArgsInfoType>
  60 template<class FilterType>
  61 void
  62 clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  63 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  64 {
  65   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  66   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  67   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  68   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  69   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  70
  71   f->SetThresholdHigh(mArgsInfo.thresholdHigh_arg);
  72   f->SetThresholdLow(mArgsInfo.thresholdLow_arg);
  73   f->SetErosionRadius(mArgsInfo.erode_arg);
  74   f->SetDilatationRadius(mArgsInfo.dilate_arg);
  75
  76   f->SetMaxDistancePostToCarina(mArgsInfo.maxPost_arg);
  77   f->SetMaxDistanceAntToCarina(mArgsInfo.maxAnt_arg);
  78   f->SetMaxDistanceLeftToCarina(mArgsInfo.maxLeft_arg);
  79   f->SetMaxDistanceRightToCarina(mArgsInfo.maxRight_arg);
  80
  81   f->SetSoughtVesselSeedName(mArgsInfo.seed_arg);
  82   f->SetSoughtVesselName(mArgsInfo.name_arg);
  83   f->SetMaxNumberOfFoundBifurcation(mArgsInfo.bif_arg);
  84
  85   f->SetFinalOpeningRadius(mArgsInfo.open_arg);
  86
  87   f->SetVerboseTrackingFlag(mArgsInfo.verboseTracking_flag);
  88
  89   // Output filename
  90   this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  91   f->SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  92 }
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  98 //--------------------------------------------------------------------
  99 template<class ArgsInfoType>
 100 template<class ImageType>
 101 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 102 {
 103   // Reading input
 104   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 105
 106   // Create filter
 107   typedef clitk::ExtractMediastinalVesselsFilter<ImageType> FilterType;
 108   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 109
 110   // Set global Options
 111   filter->SetInput(input);
 112   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 113
 114   // Go !
 115   filter->Update();
 116
 117   // Write/Save results
 118   for(uint i=0; i<filter->GetNumberOfOutputs(); i++) {
 119     typedef uchar MaskImagePixelType;
 120     typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 121     typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput(i);
 122     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 123   }
 124 }
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126
 127 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX