segmentation/clitkExtractMediastinum.ggo

   1 #File clitkExtractMediastinum.ggo
   2 package "clitkExtractMediastinum"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract mediastinum with help of patient/lungs/bones mask"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13 option "verboseMemory"  -  "Display memory usage"         flag          off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "input"     i    "Input CT filename"               string        yes
  18 option "output"    o    "Output lungs mask filename"      string        yes
  19 option "afdb"      a    "Input Anatomical Feature DB (needs Patient, Lungs, Trachea, VertebralBody)"     string         no
  20 option "useBones"  -    "If set : do use bones mask (when image is not injected)"  flag off
  21 option "maxAntSpine"  - "Distance max to anterior part of the VertebralBody (spine) in mm"  double no default="10"
  22
  23 option "spacing"     -  "Intermediate resampling spacing"         double no default="6"
  24 option "ft_LR_lungs"         -  "RelPos LR limits lungs"          double no default="0.3"
  25 option "ft_bones"            -  "RelPos AP limits bones"          double no default="0.6"
  26 option "ft_inf_lungs"        -  "RelPos inf limits bones"         double no default="0.05"
  27 option "ft_ant_sternum"      -  "RelPos ant limits sternum"       double no default="0.5"
  28
  29 #section "Step 1 : Left/Right limits with lungs"
  30
  31 section "Step 2 : Ant/Post limits with bones"
  32 #option "antSpine"     -        "Distance max to anterior part of the spine in mm"  double no default="10"
  33
  34 #section "Step 3 : Inf limits with Lung"
  35
  36 # section "Step x : threshold for removing bones and injected parts"
  37 # option "upper"  - "Upper threshold" double no default="150"
  38 # option "lower"  - "Lower threshold" double no default="-200"