segmentation/clitkExtractMediastinumGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractMediastinumGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractMediastinum")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractMediastinum_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.patient_given) AddInputFilename(mArgsInfo.patient_arg);
  57   if (mArgsInfo.lung_given) AddInputFilename(mArgsInfo.lung_arg);
  58   if (mArgsInfo.bones_given) AddInputFilename(mArgsInfo.bones_arg);
  59   if (mArgsInfo.trachea_given) AddInputFilename(mArgsInfo.trachea_arg);
  60   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class ArgsInfoType>
  69 template<class ImageType>
  70 void clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  71 {
  72   // Reading input
  73   typename ImageType::Pointer patient = this->template GetInput<ImageType>(0);
  74   typename ImageType::Pointer lung    = this->template GetInput<ImageType>(1);
  75   typename ImageType::Pointer bones   = this->template GetInput<ImageType>(2);
  76   typename ImageType::Pointer trachea = this->template GetInput<ImageType>(3);
  77
  78   // Create filter
  79   typedef clitk::ExtractMediastinumFilter<ImageType> FilterType;
  80   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  81
  82   // Set global Options
  83   filter->SetInputPatientLabelImage(patient, mArgsInfo.patientBG_arg);
  84   filter->SetInputLungLabelImage(lung, mArgsInfo.lungBG_arg, mArgsInfo.lungRight_arg, mArgsInfo.lungLeft_arg);
  85   filter->SetInputBonesLabelImage(bones, mArgsInfo.bonesBG_arg);
  86   filter->SetInputTracheaLabelImage(trachea, mArgsInfo.tracheaBG_arg);
  87   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  88
  89   // Go !
  90   filter->Update();
  91
  92   // Write/Save results
  93   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  94   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98 #endif //#define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX