segmentation/clitkFillMaskGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::FillMaskGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("FillMask")
  28 {
  29   this->SetFilterBase(NULL);
  30   InitializeImageType<3>();
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 template<class ArgsInfoType>
  37 template<unsigned int Dim>
  38 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  39 {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class ArgsInfoType>
  50 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54   // if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  55   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  56   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 template<class ArgsInfoType>
  65 template<class ImageType>
  66 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  67 {
  68   // Reading input
  69   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  70
  71   // Create filter
  72   typedef clitk::FillMaskFilter<ImageType> FilterType;
  73   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  74
  75   // Set Options
  76   filter->SetInput(input);
  77   filter->SetOptionsFromArgsInfo(mArgsInfo);
  78
  79   // Go !
  80   filter->Update();
  81
  82   // Write/Save results
  83   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  84   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  85 }
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87
  88 #endif //#define CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX