segmentation/clitkLevelSetSegmentation.ggo

   1 #File clitkLevelSetSegmentation.ggo
   2 package "clitkLevelSetSegmentation"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Perform a levelset segmentation. Standard preprocessing is available to create the feature image."
   5
   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
   8
   9 section "Input/Output"
  10
  11 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  12 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  13 option "feature"        -       "Feature image (speed image: 0 at borders)"     string  no
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  15
  16 section "Monitoring"
  17
  18 option "monitorIt"      -       "Write an image every x iterations"     int     no      default="50"
  19 option "monitorIm"      -       "Name of the monitoring image"          string  no
  20
  21
  22 section "Levelset parameter"
  23
  24 option "GAC"            -       "Use Geodesic Active Contours (default)"        flag    off
  25 option "levelSet"       -       "Output the level set image (unthresholded)"    string  no
  26 option "propScale"      -       "Propagation scale"                             double  no      default="1.0"
  27 option "curveScale"     -       "Curve scale"                                   double  no      default="1.0"
  28 option "advectionScale" -       "Advection scale"                               double  no      default="1.0"
  29 option "maxRMS"         -       "Max RMS error"                                 double  no      default="0.01"
  30 option "iter"           -       "Max number of iterations"                      int     no      default="10"
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  33 section "Feature preprocessing"
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  35 option "smooth"         -       "Smooth feature image (Curvature Anisotropic Diffusion)"        flag    off
  36 option "timeStep"       -       "Smoothing: time step"                          double  no      default="0.125"
  37 option "cond"           -       "Smoothing: conduction"                         double  no      default="5"
  38 option "iterSmooth"     -       "Smoothing: iterations"                         int     no      default="9"
  39 option "gradMag"        -       "Calculate gradient magnitude"                  flag    off
  40 option "gradMagGauss"   -       "Calculate gradient magnitude using recursive gaussian filter"  flag off
  41 option "sigma"          -       "Sigma for gaussian"                            double  no      default="1.0"
  42 option "sigmoid"        -       "Sigmoid function"                              flag    off
  43 option "alpha"          -       "Sigmoid: (A+B)/2 (A to be mapped to 0, B to 1)"        double  no default="1.0"
  44 option "beta"           -       "Sigmoid: (B-A)/6<0 (A to be mapped to 0, B to 1)"      double  no default="0.0"