tools/clitkBinaryImageToMesh.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkBinaryImageToMesh_ggo.h"
  19 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  20
  21 #include "vtkMetaImageReader.h"
  22 #include "vtkContourFilter.h"
  23 #include "vtkDecimatePro.h"
  24 #include "vtkPolyDataMapper.h"
  25 #include "vtkRenderer.h"
  26 #include "vtkRenderWindow.h"
  27 #include "vtkActor.h"
  28 #include "vtkCamera.h"
  29 #include "vtkOBJExporter.h"
  30 #include "vtkRenderWindowInteractor.h"
  31 #include "vtkSmartPointer.h"
  32
  33 #include "itksys/SystemTools.hxx"
  34
  35 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo);
  36
  37 int main(int argc, char** argv)
  38 {
  39   GGO(clitkBinaryImageToMesh, args_info);
  40
  41   run(args_info);
  42
  43   return EXIT_SUCCESS;
  44 }
  45
  46 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo)
  47 {
  48     std::string file = argsInfo.input_arg;
  49
  50     vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> pbmp_reader = vtkMetaImageReader::New();
  51     pbmp_reader->SetFileName(file.c_str());
  52     pbmp_reader->Update();
  53
  54     printf("Filtering...\n");
  55     vtkSmartPointer<vtkContourFilter> pcontour = vtkContourFilter::New();
  56     pcontour->SetValue(0, 0.5);
  57     pcontour->SetInputConnection(pbmp_reader->GetOutputPort());
  58
  59     vtkSmartPointer<vtkDecimatePro> psurface = vtkDecimatePro::New();
  60     psurface->SetInputConnection(pcontour->GetOutputPort());
  61
  62     vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> skinMapper = vtkPolyDataMapper::New();
  63       skinMapper->SetInputConnection(psurface->GetOutputPort());
  64       skinMapper->ScalarVisibilityOff();
  65
  66     vtkSmartPointer<vtkActor> skin = vtkActor::New();
  67       skin->SetMapper(skinMapper);
  68
  69     vtkSmartPointer<vtkCamera> aCamera = vtkCamera::New();
  70       aCamera->SetViewUp (0, 0, -1);
  71       aCamera->SetPosition (0, 1, 0);
  72       aCamera->SetFocalPoint (0, 0, 0);
  73       aCamera->ComputeViewPlaneNormal();
  74     aCamera->Dolly(1.5);
  75
  76     vtkSmartPointer<vtkRenderer> aRenderer = vtkRenderer::New();
  77     aRenderer->AddActor(skin);
  78     aRenderer->SetActiveCamera(aCamera);
  79     aRenderer->ResetCamera ();
  80     aRenderer->SetBackground(0,0,0);
  81     aRenderer->ResetCameraClippingRange ();
  82
  83     vtkSmartPointer<vtkRenderWindow> renWin = vtkRenderWindow::New();
  84       renWin->AddRenderer(aRenderer);
  85     renWin->SetSize(640, 480);
  86
  87     vtkSmartPointer<vtkOBJExporter> pwriter2 = vtkOBJExporter::New();
  88     pwriter2->SetRenderWindow(renWin);
  89
  90     std::string output;
  91     if (argsInfo.output_given) {
  92       output = argsInfo.output_arg;
  93       if (itksys::SystemTools::FileIsDirectory(output.c_str())) {
  94         file = itksys::SystemTools::GetFilenameName(file.c_str());
  95         file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file.c_str());
  96         file = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(file.c_str(), output.c_str());
  97       }
  98       else {
  99         file = output;
 100       }
 101     }
 102     else {
 103       file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file);
 104     }
 105     pwriter2->SetFilePrefix(file.c_str());
 106     pwriter2->Write();
 107
 108     vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor> iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 109       iren->SetRenderWindow(renWin);
 110
 111     skinMapper->Update();
 112     bool interact = argsInfo.view_flag;
 113     if (interact)
 114     {
 115       iren->Initialize();
 116       iren->Start();
 117     }
 118     else
 119       renWin->Render();
 120 }
 121
 122