tools/clitkCropImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCropImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCropImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCropImageGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Constructor
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   CropImageGenericFilter::CropImageGenericFilter():
  41     ImageToImageGenericFilter<Self>("CropImage")
  42   {
  43     cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo);
  44     InitializeImageType<2>();
  45     InitializeImageType<3>();
  46     InitializeImageType<4>();
  47   }
  48
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50   template<unsigned int Dim>
  51   void clitk::CropImageGenericFilter::InitializeImageType()
  52   {
  53     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  54     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  55     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  56     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint);
  57     //  ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ulong);
  58     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  59     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  60   }
  61   //--------------------------------------------------------------------
  62
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64   void clitk::CropImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type& a)
  65   {
  66     mArgsInfo=a;
  67     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  68     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  69     if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  70     if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  71   }
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   template<class ImageType>
  78   void clitk::CropImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  79   {
  80     // Reading input
  81     typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  82     typename ImageType::RegionType input_region = input->GetLargestPossibleRegion();
  83
  84     // Check options
  85     if (mArgsInfo.BG_given && mArgsInfo.like_given)
  86       clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --like at the same time");
  87
  88     // Prepare output
  89     typename ImageType::Pointer output;
  90
  91     // ------------------------------------------------
  92     if (mArgsInfo.BG_given) { // AutoCrop filter
  93       if (mArgsInfo.boundingBox_given)
  94         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --boundingBox at the same time");
  95       if (mArgsInfo.lower_given)
  96         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --lower at the same time");
  97       if (mArgsInfo.upper_given)
  98         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --upper at the same time");
  99       typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
 100       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 101       filter->SetInput(input);
 102       filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BG_arg);
 103       filter->Update();
 104       output = filter->GetOutput();
 105     }
 106     else {
 107       // ------------------------------------------------
 108       if (mArgsInfo.like_given) { // CropLike filter
 109       if (mArgsInfo.boundingBox_given)
 110         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --boundingBox at the same time");
 111       if (mArgsInfo.lower_given)
 112         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --lower at the same time");
 113       if (mArgsInfo.upper_given)
 114         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --upper at the same time");
 115         typedef clitk::CropLikeImageFilter<ImageType> FilterType;
 116         typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 117         filter->SetInput(input);
 118         filter->SetCropLikeFilename(mArgsInfo.like_arg);
 119         filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BGLike_arg);
 120         filter->Update();
 121         output = filter->GetOutput();
 122       }
 123       else {
 124         // ------------------------------------------------
 125         typename ImageType::SizeType lSize;
 126         typename ImageType::SizeType uSize;
 127         if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "input region " << input_region << std::endl;
 128         if (mArgsInfo.boundingBox_given) {
 129           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 130             lSize[i] = mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 131             uSize[i] = input_region.GetSize()[i]-mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 132           }
 133         }
 134         else {
 135           if (mArgsInfo.lower_given) {
 136             for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 137               lSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.lower_arg[i]);
 138           }
 139           else lSize.Fill(0);
 140           if (mArgsInfo.upper_given) {
 141             for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 142               uSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.upper_arg[i]);
 143           }
 144           else uSize.Fill(0);
 145         }
 146
 147         if (mArgsInfo.verbose_flag) {
 148           std::cout << "lower " << lSize << " upper " << uSize << std::endl;
 149         }
 150
 151         typedef  itk::CropImageFilter<ImageType, ImageType> CropImageFilterType;
 152         typename CropImageFilterType::Pointer filter=CropImageFilterType::New();
 153         filter->SetInput(input);
 154         filter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 155         filter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 156         filter->Update();
 157         output = filter->GetOutput();
 158       }
 159     }
 160
 161     // Force origin if needed
 162     if (mArgsInfo.origin_flag) {
 163       typename ImageType::PointType origin;
 164       origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 165       output->SetOrigin(origin);
 166     }
 167
 168     // adjust image origin and force index to zero
 169     typename ImageType::RegionType region = output->GetLargestPossibleRegion();
 170     typename ImageType::IndexType index = region.GetIndex();
 171     typename ImageType::PointType origin = output->GetOrigin();
 172     typename ImageType::SpacingType spacing = output->GetSpacing();
 173     if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin before crop " << origin << std::endl;
 174     for (unsigned int i = 0; i < output->GetImageDimension(); i++)
 175       origin[i] += index[i]*spacing[i];
 176     if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin after crop " << origin << std::endl;
 177     output->SetOrigin(origin);
 178
 179     index.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 180     region.SetIndex(index);
 181     output->SetRegions(region);
 182
 183     // Write/Save results
 184     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 185   }
 186   //--------------------------------------------------------------------
 187
 188 } //end clitk
 189
 190 #endif  //#define clitkCropImageGenericFilter_cxx