tools/clitkCropImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkCropImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCropImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCropImageGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Constructor
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   CropImageGenericFilter::CropImageGenericFilter():
  41     ImageToImageGenericFilter<Self>("CropImage")
  42   {
  43     cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo);
  44     InitializeImageType<2>();
  45     InitializeImageType<3>();
  46     InitializeImageType<4>();
  47   }
  48
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50   template<unsigned int Dim>
  51   void clitk::CropImageGenericFilter::InitializeImageType()
  52   {
  53     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  54     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  55     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  56     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint);
  57     //  ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ulong);
  58     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  59     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  60   }
  61   //--------------------------------------------------------------------
  62
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64   void clitk::CropImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type& a)
  65   {
  66     mArgsInfo=a;
  67     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  68     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  69     if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  70     if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  71   }
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   template<class ImageType>
  78   void clitk::CropImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  79   {
  80     // Reading input
  81     typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  82
  83     // Check options
  84     if (mArgsInfo.BG_given && mArgsInfo.like_given)
  85       clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --like at the same time");
  86
  87     // Prepare output
  88     typename ImageType::Pointer output;
  89
  90     // ------------------------------------------------
  91     if (mArgsInfo.BG_given) { // AutoCrop filter
  92       if (mArgsInfo.boundingBox_given)
  93         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --boundingBox at the same time");
  94       if (mArgsInfo.lower_given)
  95         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --lower at the same time");
  96       if (mArgsInfo.upper_given)
  97         clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --upper at the same time");
  98       typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
  99       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 100       filter->SetInput(input);
 101       filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BG_arg);
 102       filter->Update();
 103       output = filter->GetOutput();
 104     }
 105     else {
 106       // ------------------------------------------------
 107       if (mArgsInfo.like_given) { // CropLike filter
 108       if (mArgsInfo.boundingBox_given)
 109         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --boundingBox at the same time");
 110       if (mArgsInfo.lower_given)
 111         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --lower at the same time");
 112       if (mArgsInfo.upper_given)
 113         clitkExceptionMacro("Do not use --like and --upper at the same time");
 114         typedef clitk::CropLikeImageFilter<ImageType> FilterType;
 115         typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 116         filter->SetInput(input);
 117         filter->SetCropLikeFilename(mArgsInfo.like_arg);
 118         filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BGLike_arg);
 119         filter->Update();
 120         output = filter->GetOutput();
 121       }
 122       else {
 123         // ------------------------------------------------
 124         typename ImageType::SizeType lSize;
 125         typename ImageType::SizeType uSize;
 126         if (mArgsInfo.boundingBox_given) {
 127           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 128             lSize[i] = mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 129             uSize[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i]-mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 130           }
 131         }
 132         else {
 133           if (mArgsInfo.lower_given) {
 134             for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 135               lSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.lower_arg[i]);
 136           }
 137           else lSize.Fill(0);
 138           if (mArgsInfo.upper_given) {
 139             for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 140               uSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.upper_arg[i]);
 141           }
 142           else uSize.Fill(0);
 143         }
 144         typedef  itk::CropImageFilter<ImageType, ImageType> CropImageFilterType;
 145         typename CropImageFilterType::Pointer filter=CropImageFilterType::New();
 146         filter->SetInput(input);
 147         filter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 148         filter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 149         filter->Update();
 150         output = filter->GetOutput();
 151       }
 152     }
 153
 154     // Force origin if needed
 155     if (mArgsInfo.origin_flag) {
 156       typename ImageType::PointType origin;
 157       origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 158       output->SetOrigin(origin);
 159     }
 160
 161     // Write/Save results
 162     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 163   }
 164   //--------------------------------------------------------------------
 165
 166 } //end clitk
 167
 168 #endif  //#define clitkCropImageGenericFilter_cxx