tools/clitkDicom2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk includes
  20 #include "clitkDicom2Image_ggo.h"
  21 #include "clitkCommon.h"
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include <gdcmFile.h>
  26 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  27   #include <gdcmImageHelper.h>
  28   #include <gdcmAttribute.h>
  29   #include <gdcmReader.h>
  30 #endif
  31
  32 //====================================================================
  33 int main(int argc, char * argv[])
  34 {
  35   // init command line
  36   GGO(clitkDicom2Image, args_info);
  37   std::vector<std::string> input_files;
  38   ///if std_input is given, read the input files from stdin
  39   if (args_info.std_input_given) {
  40     while (true) {
  41       std::string tmp;
  42       std::cin >> tmp;
  43       if(std::cin.good())
  44         input_files.push_back(tmp);
  45       else break;
  46     }
  47     args_info.inputs_num=input_files.size();
  48   } else for (unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++)
  49       input_files.push_back(args_info.inputs[i]);
  50
  51
  52   //===========================================
  53   /// Get slices locations ...
  54   std::vector<double> sliceLocations;
  55   for(unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++) {
  56     //std::cout << "Reading <" << input_files[i] << std::endl;
  57 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  58     gdcm::Reader hreader;
  59     hreader.SetFileName(input_files[i].c_str());
  60     hreader.Read();
  61     std::vector<double> theorigin = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(hreader.GetFile());
  62     sliceLocations.push_back(theorigin[2]);
  63     gdcm::Attribute<0x28, 0x100> pixel_size;
  64     gdcm::DataSet& ds = hreader.GetFile().GetDataSet();
  65     pixel_size.SetFromDataSet(ds);
  66     if (pixel_size.GetValue() != 16)
  67     {
  68       std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
  69       std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  70       exit(0);
  71     }
  72 #else
  73   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  74   header->SetFileName(input_files[i]);
  75   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  76   header->Load();
  77   sliceLocations.push_back(header->GetZOrigin());
  78   if (header->GetPixelSize() != 2) {
  79     std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
  80     std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  81     exit(0);
  82   }
  83 #endif
  84   }
  85
  86   //===========================================
  87   // Sort slices locations ...
  88   std::vector<int> sliceIndex;
  89   clitk::GetSortedIndex(sliceLocations, sliceIndex);
  90   if (args_info.verboseSliceLocation_flag) {
  91     std::cout << sliceLocations[sliceIndex[0]] << " -> "
  92               << sliceIndex[0] << " / " << 0 << " => "
  93               << "0 mm "
  94               << input_files[sliceIndex[0]]
  95               << std::endl;
  96     for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
  97       std::cout << sliceLocations[sliceIndex[i]] << " -> "
  98                 << sliceIndex[i] << " / " << i << " => "
  99                 << sliceLocations[sliceIndex[i]] - sliceLocations[sliceIndex[i-1]]
 100                 << "mm "
 101                 << input_files[sliceIndex[i]]
 102                 << std::endl;
 103     }
 104   }
 105
 106   //===========================================
 107   // Analyze slices locations ...
 108   double currentDist;
 109   double dist=0;
 110   double tolerance = args_info.tolerance_arg;
 111   double previous = sliceLocations[sliceIndex[0]];
 112   for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 113     currentDist = sliceLocations[sliceIndex[i]]-previous;
 114     if (i!=1) {
 115       if (fabs(dist-currentDist) > tolerance) {
 116         std::cout << "ERROR : " << std::endl
 117                   << "Current slice pos is  = " << sliceLocations[sliceIndex[i]] << std::endl
 118                   << "Previous slice pos is = " << previous << std::endl
 119                   << "Current file is       = " << input_files[sliceIndex[i]] << std::endl
 120                   << "Current index is      = " << i << std::endl
 121                   << "Current sortindex is  = " << sliceIndex[i] << std::endl
 122                   << "Current slice diff    = " << dist << std::endl
 123                   << "Current error         = " << fabs(dist-currentDist) << std::endl;
 124         exit(1);
 125       }
 126     } else dist = currentDist;
 127     previous = sliceLocations[sliceIndex[i]];
 128   }
 129
 130   //===========================================
 131   // Create ordered vector of filenames
 132   std::vector<std::string> sorted_files;
 133   sorted_files.resize(sliceIndex.size());
 134   for(unsigned int i=0; i<sliceIndex.size(); i++)
 135     sorted_files[i] = input_files[ sliceIndex[i] ];
 136
 137   //===========================================
 138   // Read write serie
 139   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 140   reader->SetInputFilenames(sorted_files);
 141   reader->Update(vvImageReader::DICOM);
 142   if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 143     std::cerr << reader->GetLastError() << std::endl;
 144     return 1;
 145   }
 146
 147   vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 148   writer->SetInput(reader->GetOutput());
 149   writer->SetOutputFileName(args_info.output_arg);
 150   writer->Update();
 151
 152   return 0;
 153 }