tools/clitkFooImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkFooImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkFooImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkFooImageGenericFilter.txx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   29 june 2009
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // itk include
  31 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  32 #include "itkMaskImageFilter.h"
  33 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  34 #include <clitkCommon.h>
  35
  36 namespace clitk
  37 {
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 template<class args_info_type>
  41 FooImageGenericFilter<args_info_type>::FooImageGenericFilter():
  42   ImageToImageGenericFilter<Self>("FooImage")
  43 {
  44   InitializeImageType<2>();
  45   InitializeImageType<3>();
  46   InitializeImageType<4>();
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<class args_info_type>
  53 template<unsigned int Dim>
  54 void FooImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  55 {
  56   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 template<class args_info_type>
  63 void FooImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  64 {
  65   mArgsInfo=a;
  66   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  68
  69   if (mArgsInfo.input_given) {
  70     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  71   }
  72   if (mArgsInfo.output_given) {
  73     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  74   }
  75 }
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template<class args_info_type>
  82 template<class InputImageType>
  83 void
  84 FooImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  85 {
  86
  87   // Reading input
  88   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  89
  90   // Main filter
  91   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  92   typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  93
  94   // Filter
  95   typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  96   typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  97   thresholdFilter->SetInput(input);
  98   thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  99
 100   if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
 101   if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
 102
 103   if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 104     thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 105     thresholdFilter->Update();
 106
 107     typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 108     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 109   } else {
 110     typename InputImageType::Pointer outputImage;
 111     thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 112     if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 113       typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 114       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 115       maskFilter->SetInput1(input);
 116       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 117       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 118       maskFilter->Update();
 119       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 120     } else {
 121       typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 122       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 123       maskFilter->SetInput1(input);
 124       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 125       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 126       maskFilter->Update();
 127       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 128     }
 129     // Write/Save results
 130     this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 131   }
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136 }//end clitk
 137
 138 #endif //#define clitkFooImageGenericFilter_txx