tools/clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 /**
  19  -------------------------------------------------------------------
  20  * @file   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
  21  * @author Joël Schaerer
  22  * @date   20 April 2009
  23
  24  * @brief
  25  -------------------------------------------------------------------*/
  26
  27 #include "clitkGuerreroVentilationGenericFilter.h"
  28 #include <itkBinaryGuerreroFilter.h>
  29 #include <itkImageDuplicator.h>
  30 #include <itkExtractImageFilter.h>
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::GuerreroVentilationGenericFilter()
  34   :ImageToImageGenericFilter<Self>("GuerreroVentilationGenericFilter")
  35 {
  36   blood_mass_factor=1.;
  37   InitializeImageType<2>();
  38   InitializeImageType<3>();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 template<unsigned int Dim>
  44 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::InitializeImageType()
  45 {
  46   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<class ImageType>
  53 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  54 {
  55
  56   // Input should be 2
  57   assert(m_InputFilenames.size() == 2);
  58
  59   // Reading input
  60   typedef ImageType InputImageType;
  61   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  62   typename InputImageType::Pointer ref = this->template GetInput<InputImageType>(1);
  63
  64   typedef itk::Image<float,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  65   //    typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  66   //typename ImageType::Pointer ref = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[1], mIOVerbose);
  67
  68   typedef itk::BinaryGuerreroFilter<ImageType,ImageType,OutputImageType> GFilterType;
  69   typename GFilterType::Pointer filter = GFilterType::New();
  70   filter->SetInput1(ref);
  71   filter->SetInput2(input);
  72   filter->SetBloodCorrectionFactor(blood_mass_factor);
  73   filter->SetUseCorrectFormula(use_correct_formula);
  74   filter->Update();
  75
  76   this->SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
  77   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
  78   //std::cout << "Warning: removed " << filter->GetFunctor().aberant_voxels << " aberant voxels from the ventilation image"
  79   //<< std::endl;
  80 }