tools/clitkImageArithm.cxx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   -------------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGEARITHM_CXX
  14 #define CLITKIMAGEARITHM_CXX
  15
  16 /**
  17    -------------------------------------------------
  18    * @file   clitkImageArithm.cxx
  19    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  20    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  21    -------------------------------------------------*/
  22
  23 // clitk include
  24 #include "clitkImageArithm_ggo.h"
  25 #include "clitkImageArithmGenericFilter.h"
  26 #include "clitkIO.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 int main(int argc, char * argv[]) {
  30
  31   // Init command line
  32   GGO(clitkImageArithm, args_info);
  33   CLITK_INIT;
  34
  35   // Check that we have either the 2nd image or the scalar
  36   if ((args_info.input2_given) && (args_info.scalar_given)) {
  37     std::cerr << "ERROR : you cannot provide both --scalar and --input2 option" << std::endl;
  38     exit(-1);
  39   }
  40   if ((!args_info.input2_given) && (!args_info.scalar_given)) {
  41     if (args_info.operation_arg < 5) {
  42       std::cerr << "Such operation need the --scalar option." << std::endl;
  43       exit(-1);
  44     }
  45   }
  46
  47   // Read input image header1 to check image dimension
  48   itk::ImageIOBase::Pointer header1 = clitk::readImageHeader(args_info.input1_arg);
  49   unsigned int dim1 = header1->GetNumberOfDimensions();
  50   std::string pixelTypeName = header1->GetComponentTypeAsString(header1->GetComponentType());
  51
  52   // Options for arithm operation between 2 images
  53   if (args_info.input2_given) {
  54
  55     itk::ImageIOBase::Pointer header2 = clitk::readImageHeader(args_info.input2_arg);
  56     unsigned int dim2 = header2->GetNumberOfDimensions();
  57     std::string pixelTypeName2 = header2->GetComponentTypeAsString(header1->GetComponentType());
  58
  59     // Check dimension
  60     if (dim1 != dim2) {
  61       std::cerr << "Images should have the same dimension : " <<std::endl;
  62       std::cerr  << "Dim input1 = " << dim1 << std::endl;
  63       std::cerr  << "Dim input2 = " << dim2 << std::endl;
  64       exit(-1);
  65     }
  66
  67     // Check same type of pixel in both images
  68     if (pixelTypeName2 != pixelTypeName) {
  69       std::cerr << "Input images do not have the same pixel type: " <<std::endl;
  70       std::cerr  << "Type input1 = " << pixelTypeName << std::endl;
  71       std::cerr  << "Type input2 = " << pixelTypeName2 << std::endl;
  72       exit(-1);
  73     }
  74
  75     // Check same X,Y dimensions in both images
  76     for(int i=0; i<2; i++) {
  77       if ( header1->GetDimensions(i) != header2->GetDimensions(i) ) {
  78         std::cerr << "ERROR: input images should have same X and Y size. " <<  std::endl;
  79         std::cerr << "Dimensions X and Y of input1: = " << header1->GetDimensions(0) <<"  "<< header1->GetDimensions(1)<< std::endl;
  80         std::cerr << "Dimensions X and Y of input2: = " << header2->GetDimensions(0) <<"  "<< header2->GetDimensions(1)<< std::endl;
  81         exit(-1);
  82       }
  83     }//end for
  84     if (dim1 == 3) {
  85       if (header1->GetDimensions(2) < header2->GetDimensions(2)) {
  86         std::cerr << "ERROR: Z size in input1 is greater than in input2. " <<  std::endl;
  87         std::cerr << "Size input1 : " << header1->GetDimensions(0) << " " << header1->GetDimensions(1)<< " " << header1->GetDimensions(2) << std::endl;
  88         std::cerr << "Size input2 : " << header2->GetDimensions(0) << " " << header2->GetDimensions(1)<< " " << header2->GetDimensions(2) << std::endl;
  89       }
  90     }
  91   } //end if operation between 2 images
  92
  93   // Creation of a generic filter
  94   clitk::ImageArithmGenericFilter::Pointer filter = clitk::ImageArithmGenericFilter::New();
  95   filter->AddInputFilename(args_info.input1_arg);
  96   if (args_info.input2_given) filter->AddInputFilename(args_info.input2_arg);
  97   else filter->SetScalar(args_info.scalar_arg);
  98   //if (args_info.binary_given) filter->SetBinaryMaskFilename(args_info.binary_arg);
  99   filter->SetTypeOfOperation(args_info.operation_arg);
 100   filter->SetDefaultPixelValue(args_info.pixelValue_arg);
 101   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 102
 103   // Go !
 104   filter->Update();
 105
 106   // this is the end my friend
 107   return 0;
 108 } // end main
 109
 110 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX