tools/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  20
  21 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  25   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert")
  26 {
  27   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  28   mWarningOccur = false;
  29   mWarning = "";
  30   mDisplayWarning = true;
  31   InitializeImageType<2>();
  32   InitializeImageType<3>();
  33   InitializeImageType<4>();
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 template<class InputImageType>
  49 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  50 {
  51
  52   // Verbose stuff
  53   if (m_IOVerbose) {
  54     if (m_InputFilenames.size() == 1) {
  55       std::cout << "Input image <" << m_InputFilenames[0] << "> is ";
  56       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[0]);
  57       printImageHeader(header, std::cout);
  58       std::cout << std::endl;
  59     } else {
  60       for(unsigned int i=0; i<m_InputFilenames.size(); i++) {
  61         std::cout << "Input image " << i << " <" << m_InputFilenames[i] << "> is ";
  62         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[i]);
  63         printImageHeader(h, std::cout);
  64         std::cout << std::endl;
  65       }
  66     }
  67   }
  68
  69
  70   if ((m_PixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  71     //    typename InputImageType::Pointer input = clitk::readImage<InputImageType>(m_InputFilenames);
  72     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  73     //clitk::writeImage<InputImageType>(input, mOutputFilename, m_IOVerbose);
  74     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  75   } else {
  76 #define TRY_TYPE(TYPE)                                                  \
  77     if (IsSameType<TYPE>(mOutputPixelTypeName)) { UpdateWithOutputType<InputImageType, TYPE>(); return; }
  78     TRY_TYPE(char);
  79     //    TRY_TYPE(signed char);
  80     TRY_TYPE(uchar);
  81     TRY_TYPE(short);
  82     TRY_TYPE(ushort);
  83     TRY_TYPE(int); // no uint ...
  84     TRY_TYPE(float);
  85     TRY_TYPE(double);
  86 #undef TRY_TYPE
  87
  88     std::string list = CreateListOfTypes<char, uchar, short, ushort, int, float, double>();
  89     std::cerr << "Error, I don't know the output type '" << mOutputPixelTypeName
  90               << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
  91     exit(0);
  92   }
  93 }
  94 //====================================================================
  95
  96 //====================================================================
  97 template<class InputImageType, class OutputPixelType>
  98 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithOutputType()
  99 {
 100   // Read
 101   typename InputImageType::Pointer input =this->template GetInput<InputImageType>(0);
 102
 103   // Typedef
 104   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 105
 106   // Warning
 107   std::ostringstream osstream;
 108   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 109     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 110       osstream << "Warning, input type is signed (" << m_PixelTypeName << ") while output type is not ("
 111                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 112       mWarningOccur = true;
 113     }
 114   }
 115   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 116     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 117       osstream << "Warning, input type is not integer (" << m_PixelTypeName << ") while output type is ("
 118                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 119       mWarningOccur = true;
 120     }
 121   }
 122   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 123   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 124   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 125     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 126       osstream << "Warning, input type is not integer (" << m_PixelTypeName << ") while output type is ("
 127                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 128       mWarningOccur = true;
 129     }
 130   }
 131   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 132     osstream << "Warning, possible loss of precision : input type is (" << m_PixelTypeName << ") while output type is ("
 133              << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 134     mWarningOccur = true;
 135   }
 136
 137   mWarning = osstream.str();
 138   if (mDisplayWarning) {
 139     std::cerr << mWarning;
 140   }
 141
 142   // Cast
 143   typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 144   typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 145   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 146   filter->SetInput(input);
 147   filter->Update();
 148
 149   // Write
 150   SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
 151   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, m_IOVerbose);
 152 }
 153 //====================================================================
 154
 155
 156 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
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