tools/clitkImageCreate.cxx

   1 /*------------------------------------------------------------------------=
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   ------------------------------------------------------------------------=*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGECREATE_CXX
  14 #define CLITKIMAGECREATE_CXX
  15
  16 /**
  17    ------------------------------------------------=
  18    * @file   clitkImageCreate.cxx
  19    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  20    * @date   14 Oct 2008 08:37:53
  21    ------------------------------------------------=*/
  22
  23 // clitk include
  24 #include "clitkImageCreate_ggo.h"
  25 #include "clitkCommon.h"
  26 #include "clitkImageCommon.h"
  27 #include "clitkIO.h"
  28
  29 template<class ImageType>
  30 void NewFilledImage(int * size, float * spacing, double * origin,
  31                     double value,typename ImageType::Pointer output)
  32 {
  33   static const unsigned int Dim = ImageType::GetImageDimension();
  34   typename ImageType::SizeType mSize;
  35   mSize.Fill (0);
  36   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSize[i] = size[i];
  37   typename ImageType::RegionType mRegion;
  38   mRegion.SetSize(mSize);
  39   typename ImageType::SpacingType mSpacing;
  40   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSpacing[i] = spacing[i];
  41   output->SetRegions(mRegion);
  42   output->SetSpacing(mSpacing);
  43   output->Allocate();
  44   typename ImageType::PointType mOrigin;
  45   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mOrigin[i] = origin[i];
  46   output->SetOrigin(mOrigin);
  47   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  48   PixelType p = clitk::PixelTypeDownCast<double, PixelType>(value);
  49   output->FillBuffer(p);
  50 }
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 int main(int argc, char * argv[]) {
  55
  56   // Init command line
  57   GGO(clitkImageCreate, args_info);
  58   CLITK_INIT;
  59
  60   // Check --like option
  61   int dim;
  62   if (args_info.like_given) {
  63     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  64      dim = header->GetNumberOfDimensions();
  65      //mPixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  66      //mNbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  67      args_info.size_given = dim;
  68      args_info.size_arg = new int[dim];
  69      args_info.spacing_given = dim;
  70      args_info.spacing_arg = new float[dim];
  71      args_info.origin_given = dim;
  72      args_info.origin_arg = new double[dim];
  73
  74      for(int i=0; i<dim; i++) {
  75        args_info.size_arg[i] = header->GetDimensions(i);
  76        args_info.spacing_arg[i] = header->GetSpacing(i);
  77        args_info.origin_arg[i]=   header->GetOrigin(i);
  78      }
  79   }
  80
  81   // Check dimension
  82   if ((args_info.size_given > 4) || (args_info.size_given <2)) {
  83     std::cerr << "ERROR : only 2D/3D/4D image ! Please give 2 or 3 or 4 number to the --size option." << std::endl;
  84     exit(-1);
  85   }
  86   dim = args_info.size_given;
  87
  88   // origin
  89   std::vector<double> origin;
  90   origin.resize(dim);
  91   for(int i=0; i<dim; i++) origin[i]=0.;
  92   if (args_info.origin_given)
  93     {
  94       if (args_info.origin_given==1)
  95         for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[0];
  96       else
  97         {
  98           if (args_info.origin_given != args_info.size_given) {
  99             std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --origin and --size." << std::endl;
 100             exit(-1);
 101           }
 102           for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[i];
 103         }
 104     }
 105
 106   // spacing
 107   std::vector<float> spacing;
 108   spacing.resize(dim);
 109   if (args_info.spacing_given == 1) {
 110     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 111   }
 112   else {
 113     if (args_info.spacing_given != args_info.size_given) {
 114       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --size and --spacing." << std::endl;
 115       exit(-1);
 116     }
 117     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 118   }
 119
 120   // Create new image
 121   typedef float PixelType;
 122   if (dim == 2) {
 123     const int Dim=2;
 124     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 125     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 126     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 127     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 128   }
 129   if (dim == 3) {
 130     const int Dim=3;
 131     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 132     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 133     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 134     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 135   }
 136   if (dim == 4) {
 137     const int Dim=4;
 138     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 139     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 140     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 141     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 142   }
 143
 144   // this is the end my friend
 145   return 0;
 146 } // end main
 147
 148 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX