tools/clitkImageCreate.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECREATE_CXX
  19 #define CLITKIMAGECREATE_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageCreate.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   14 Oct 2008 08:37:53
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageCreate_ggo.h"
  29 #include "clitkCommon.h"
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include "clitkIO.h"
  32
  33 template<class ImageType>
  34 void NewFilledImage(int * size, float * spacing, double * origin,
  35                     double value,typename ImageType::Pointer output)
  36 {
  37   static const unsigned int Dim = ImageType::GetImageDimension();
  38   typename ImageType::SizeType mSize;
  39   mSize.Fill (0);
  40   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSize[i] = size[i];
  41   typename ImageType::RegionType mRegion;
  42   mRegion.SetSize(mSize);
  43   typename ImageType::SpacingType mSpacing;
  44   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSpacing[i] = spacing[i];
  45   output->SetRegions(mRegion);
  46   output->SetSpacing(mSpacing);
  47   output->Allocate();
  48   typename ImageType::PointType mOrigin;
  49   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mOrigin[i] = origin[i];
  50   output->SetOrigin(mOrigin);
  51   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  52   PixelType p = clitk::PixelTypeDownCast<double, PixelType>(value);
  53   output->FillBuffer(p);
  54 }
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 int main(int argc, char * argv[]) {
  59
  60   // Init command line
  61   GGO(clitkImageCreate, args_info);
  62   CLITK_INIT;
  63
  64   // Check --like option
  65   int dim;
  66   if (args_info.like_given) {
  67     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  68      dim = header->GetNumberOfDimensions();
  69      //mPixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  70      //mNbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  71      args_info.size_given = dim;
  72      args_info.size_arg = new int[dim];
  73      args_info.spacing_given = dim;
  74      args_info.spacing_arg = new float[dim];
  75      args_info.origin_given = dim;
  76      args_info.origin_arg = new double[dim];
  77
  78      for(int i=0; i<dim; i++) {
  79        args_info.size_arg[i] = header->GetDimensions(i);
  80        args_info.spacing_arg[i] = header->GetSpacing(i);
  81        args_info.origin_arg[i]=   header->GetOrigin(i);
  82      }
  83   }
  84
  85   // Check dimension
  86   if ((args_info.size_given > 4) || (args_info.size_given <2)) {
  87     std::cerr << "ERROR : only 2D/3D/4D image ! Please give 2 or 3 or 4 number to the --size option." << std::endl;
  88     exit(-1);
  89   }
  90   dim = args_info.size_given;
  91
  92   // origin
  93   std::vector<double> origin;
  94   origin.resize(dim);
  95   for(int i=0; i<dim; i++) origin[i]=0.;
  96   if (args_info.origin_given)
  97     {
  98       if (args_info.origin_given==1)
  99         for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[0];
 100       else
 101         {
 102           if (args_info.origin_given != args_info.size_given) {
 103             std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --origin and --size." << std::endl;
 104             exit(-1);
 105           }
 106           for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[i];
 107         }
 108     }
 109
 110   // spacing
 111   std::vector<float> spacing;
 112   spacing.resize(dim);
 113   if (args_info.spacing_given == 1) {
 114     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 115   }
 116   else {
 117     if (args_info.spacing_given != args_info.size_given) {
 118       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --size and --spacing." << std::endl;
 119       exit(-1);
 120     }
 121     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 122   }
 123
 124   // Create new image
 125   typedef float PixelType;
 126   if (dim == 2) {
 127     const int Dim=2;
 128     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 129     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 130     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 131     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 132   }
 133   if (dim == 3) {
 134     const int Dim=3;
 135     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 136     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 137     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 138     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 139   }
 140   if (dim == 4) {
 141     const int Dim=4;
 142     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 143     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 144     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 145     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 146   }
 147
 148   // this is the end my friend
 149   return 0;
 150 } // end main
 151
 152 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX