tools/clitkImageExtractLine.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  19 #define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  20 /**
  21    -------------------------------------------------
  22    * @file   clitkImageExtractLine.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  25    -------------------------------------------------*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageExtractLine_ggo.h"
  29 #include "clitkIO.h"
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include <itkLineConstIterator.h>
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 int main(int argc, char * argv[])
  35 {
  36
  37   // Init command line
  38   GGO(clitkImageExtractLine, args_info);
  39   CLITK_INIT;
  40
  41   // Declare main types
  42   typedef float PixelType;
  43   const unsigned int Dimension=3;
  44   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  45
  46   // Check options
  47   if (args_info.firstIndex_given != Dimension) {
  48     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --firstIndex option" << std::endl;
  49     exit(0);
  50   }
  51   if (args_info.lastIndex_given != Dimension) {
  52     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --lastIndex option" << std::endl;
  53     exit(0);
  54   }
  55
  56   // Read image
  57   ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(args_info.input_arg, args_info.verbose_flag);
  58
  59   // Get first and last index
  60   typedef ImageType::IndexType IndexType;
  61   IndexType firstIndex;
  62   IndexType lastIndex;
  63   ImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
  64   double length = 0.0;
  65   for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  66     firstIndex[i] = args_info.firstIndex_arg[i];
  67     lastIndex[i] = args_info.lastIndex_arg[i];
  68     if (args_info.mm_flag) {
  69       firstIndex[i] /= spacing[i];
  70       lastIndex[i] /= spacing[i];
  71     }
  72     length += pow(lastIndex[i]*spacing[i]-firstIndex[i]*spacing[i],2);
  73   }
  74   length = sqrt(length);
  75
  76   // Loop
  77   std::vector<double> depth;
  78   std::vector<double> values;
  79   itk::LineConstIterator<ImageType> iter(input, firstIndex, lastIndex);
  80   iter.GoToBegin();
  81   while (!iter.IsAtEnd()) {
  82     values.push_back(iter.Get());
  83     ++iter;
  84   }
  85   double step = length/values.size();
  86
  87   // If isocenter is used
  88   double isoDistance = 0.0;
  89   if (args_info.isocenter_given) { // isoCenter is in mm
  90     IndexType isoCenter;
  91     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  92       isoCenter[i] = args_info.isocenter_arg[i];
  93       isoDistance += pow(isoCenter[i] - firstIndex[i]*spacing[i],2);
  94     }
  95     DD(isoCenter);
  96     isoDistance = sqrt(isoDistance);
  97     DD(isoDistance);
  98   }
  99
 100   // Write result
 101   std::ofstream os(args_info.output_arg);
 102   os << "# clitkImageExtractLine from " << args_info.input_arg << std::endl
 103      << "# \t firstIndex = " << firstIndex << std::endl
 104      << "# \t lastIndex  = " << lastIndex << std::endl
 105      << "# \t nb values  = " << values.size() << std::endl
 106      << "# \t length   = " << length << std::endl
 107      << "# \t step       = " << step << std::endl;
 108   if (args_info.depth_flag) {
 109     double lg = -isoDistance;
 110     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 111       os << lg << " " << values[i] << std::endl;
 112       lg += step;
 113     }
 114     os.close();
 115   } else {
 116     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 117       os << values[i] << std::endl;
 118     }
 119     os.close();
 120   }
 121
 122   // this is the end my friend
 123   return 0;
 124 } // end main
 125
 126 #endif //define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX