tools/clitkImageExtractLine.cxx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   -------------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  14 #define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  15
  16 /**
  17    -------------------------------------------------
  18    * @file   clitkImageExtractLine.cxx
  19    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  20    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  21    -------------------------------------------------*/
  22
  23 // clitk include
  24 #include "clitkImageExtractLine_ggo.h"
  25 #include "clitkIO.h"
  26 #include <itkLineConstIterator.h>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 int main(int argc, char * argv[]) {
  30
  31   // Init command line
  32   GGO(clitkImageExtractLine, args_info);
  33   CLITK_INIT;
  34
  35   // Declare main types
  36   typedef float PixelType;
  37   const unsigned int Dimension=3;
  38   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  39
  40   // Check options
  41   if (args_info.firstIndex_given != Dimension) {
  42     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --firstIndex option" << std::endl;
  43     exit(0);
  44   }
  45   if (args_info.lastIndex_given != Dimension) {
  46     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --lastIndex option" << std::endl;
  47     exit(0);
  48   }
  49
  50   // Read image
  51   ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(args_info.input_arg, args_info.verbose_flag);
  52
  53   // Get first and last index
  54   typedef ImageType::IndexType IndexType;
  55   IndexType firstIndex;
  56   IndexType lastIndex;
  57   ImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
  58   double length = 0.0;
  59   for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  60     firstIndex[i] = args_info.firstIndex_arg[i];
  61     lastIndex[i] = args_info.lastIndex_arg[i];
  62     if (args_info.mm_flag) {
  63       firstIndex[i] /= spacing[i];
  64       lastIndex[i] /= spacing[i];
  65     }
  66     length += pow(lastIndex[i]*spacing[i]-firstIndex[i]*spacing[i],2);
  67   }
  68   length = sqrt(length);
  69
  70   // Loop
  71   std::vector<double> depth;
  72   std::vector<double> values;
  73   itk::LineConstIterator<ImageType> iter(input, firstIndex, lastIndex);
  74   iter.GoToBegin();
  75   while (!iter.IsAtEnd()) {
  76     values.push_back(iter.Get());
  77     ++iter;
  78   }
  79   double step = length/values.size();
  80
  81   // If isocenter is used
  82   double isoDistance = 0.0;
  83   if (args_info.isocenter_given) { // isoCenter is in mm
  84     IndexType isoCenter;
  85     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  86       isoCenter[i] = args_info.isocenter_arg[i];
  87       isoDistance += pow(isoCenter[i] - firstIndex[i]*spacing[i],2);
  88     }
  89     DD(isoCenter);
  90     isoDistance = sqrt(isoDistance);
  91     DD(isoDistance);
  92   }
  93
  94   // Write result
  95   std::ofstream os(args_info.output_arg);
  96   os << "# clitkImageExtractLine from " << args_info.input_arg << std::endl
  97      << "# \t firstIndex = " << firstIndex << std::endl
  98      << "# \t lastIndex  = " << lastIndex << std::endl
  99      << "# \t nb values  = " << values.size() << std::endl
 100      << "# \t length   = " << length << std::endl
 101      << "# \t step       = " << step << std::endl;
 102   if (args_info.depth_flag) {
 103     double lg = -isoDistance;
 104     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 105       os << lg << " " << values[i] << std::endl;
 106       lg += step;
 107     }
 108     os.close();
 109   }
 110   else {
 111     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 112       os << values[i] << std::endl;
 113     }
 114     os.close();
 115   }
 116
 117   // this is the end my friend
 118   return 0;
 119 } // end main
 120
 121 #endif //define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX