tools/clitkImageFillRegion.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  19 #define CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageFillRegion.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageFillRegion_ggo.h"
  29 #include "clitkImageFillRegionGenericFilter.h"
  30 #include "clitkIO.h"
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 int main(int argc, char * argv[]) {
  34
  35   // Init command line
  36   GGO(clitkImageFillRegion, args_info);
  37   CLITK_INIT;
  38
  39   // Read image dimension
  40   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  41   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  42
  43   // Main filter
  44   clitk::ImageFillRegionGenericFilter filter;
  45   filter.SetInputFilename(args_info.input_arg);
  46   filter.SetOutputFilename(args_info.output_arg);
  47   filter.SetFillPixelValue(args_info.value_arg);
  48
  49   if(!args_info.ellips_flag && !args_info.rect_flag)
  50     {
  51       std::cerr << "ERROR : No type of region specified!"<< std::endl;
  52       exit(-1);
  53     }
  54
  55   if(args_info.ellips_flag && args_info.rect_flag)
  56     {
  57       std::cerr << "ERROR : Multiple types of regions specified!"<< std::endl;
  58       exit(-1);
  59     }
  60
  61   if(args_info.rect_flag)
  62     {
  63       if (args_info.size_given && args_info.start_given) {
  64         // Check parameters
  65         if (args_info.size_given != dim) {
  66           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  67           exit(-1);
  68         }
  69         if (args_info.start_given != dim) {
  70           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  71           exit(-1);
  72         }
  73         filter.SetRegion(args_info.size_arg, args_info.start_arg);
  74       }
  75       else {
  76         std::cerr << "ERROR : both size and start should be given!"<< std::endl;
  77         exit(-1);
  78       }
  79     }
  80
  81   if(args_info.ellips_flag)
  82     {
  83
  84       std::vector<double> c, a;
  85       if (args_info.center_given)
  86         {
  87           if (args_info.center_given != dim)
  88             {
  89               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --center should have the same number of values." << std::endl;
  90               exit(-1);
  91             }
  92           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  93             c.push_back(args_info.center_arg[i]);
  94         }
  95
  96       if (args_info.axes_given)
  97         {
  98           if (args_info.axes_given != dim)
  99             {
 100               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --axes should have the same number of values." << std::endl;
 101               exit(-1);
 102             }
 103           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 104             a.push_back(args_info.axes_arg[i]);
 105
 106         }
 107       else
 108         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 109           a.push_back(10.0);
 110
 111       if ((args_info.center_given))
 112         filter.SetSphericRegion(a,c);
 113       else
 114         filter.SetSphericRegion(a);
 115     }
 116
 117   filter.Update();
 118
 119   // this is the end my friend
 120   return 0;
 121 } // end main
 122
 123 #endif //define CLITKIMAGEREGIONFILL