tools/clitkImageFillRegion.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
   2 #define CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
   3 /**
   4    ------------------------------------------------=
   5    * @file   clitkImageFillRegion.cxx
   6    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   23 Feb 2008
   8    ------------------------------------------------=*/
   9
  10 // clitk include
  11 #include "clitkImageFillRegion_ggo.h"
  12 #include "clitkImageFillRegionGenericFilter.h"
  13 #include "clitkIO.h"
  14
  15 //--------------------------------------------------------------------
  16 int main(int argc, char * argv[]) {
  17
  18   // Init command line
  19   GGO(clitkImageFillRegion, args_info);
  20   CLITK_INIT;
  21
  22   // Read image dimension
  23   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  24   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  25
  26   // Main filter
  27   clitk::ImageFillRegionGenericFilter filter;
  28   filter.SetInputFilename(args_info.input_arg);
  29   filter.SetOutputFilename(args_info.output_arg);
  30   filter.SetFillPixelValue(args_info.value_arg);
  31
  32   if(!args_info.ellips_flag && !args_info.rect_flag)
  33     {
  34       std::cerr << "ERROR : No type of region specified!"<< std::endl;
  35       exit(-1);
  36     }
  37
  38   if(args_info.ellips_flag && args_info.rect_flag)
  39     {
  40       std::cerr << "ERROR : Multiple types of regions specified!"<< std::endl;
  41       exit(-1);
  42     }
  43
  44   if(args_info.rect_flag)
  45     {
  46       if (args_info.size_given && args_info.start_given) {
  47         // Check parameters
  48         if (args_info.size_given != dim) {
  49           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  50           exit(-1);
  51         }
  52         if (args_info.start_given != dim) {
  53           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  54           exit(-1);
  55         }
  56         filter.SetRegion(args_info.size_arg, args_info.start_arg);
  57       }
  58       else {
  59         std::cerr << "ERROR : both size and start should be given!"<< std::endl;
  60         exit(-1);
  61       }
  62     }
  63
  64   if(args_info.ellips_flag)
  65     {
  66
  67       std::vector<double> c, a;
  68       if (args_info.center_given)
  69         {
  70           if (args_info.center_given != dim)
  71             {
  72               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --center should have the same number of values." << std::endl;
  73               exit(-1);
  74             }
  75           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  76             c.push_back(args_info.center_arg[i]);
  77         }
  78
  79       if (args_info.axes_given)
  80         {
  81           if (args_info.axes_given != dim)
  82             {
  83               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --axes should have the same number of values." << std::endl;
  84               exit(-1);
  85             }
  86           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  87             a.push_back(args_info.axes_arg[i]);
  88
  89         }
  90       else
  91         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  92           a.push_back(10.0);
  93
  94       if ((args_info.center_given))
  95         filter.SetSphericRegion(a,c);
  96       else
  97         filter.SetSphericRegion(a);
  98     }
  99
 100   filter.Update();
 101
 102   // this is the end my friend
 103   return 0;
 104 } // end main
 105
 106 #endif //define CLITKIMAGEREGIONFILL