tools/clitkImageFillRegion.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  19 #define CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageFillRegion.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageFillRegion_ggo.h"
  29 #include "clitkImageFillRegionGenericFilter.h"
  30 #include "clitkIO.h"
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 int main(int argc, char * argv[])
  34 {
  35
  36   // Init command line
  37   GGO(clitkImageFillRegion, args_info);
  38   CLITK_INIT;
  39
  40   // Read image dimension
  41   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  42   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  43
  44   // Main filter
  45   clitk::ImageFillRegionGenericFilter filter;
  46   filter.SetInputFilename(args_info.input_arg);
  47   filter.SetOutputFilename(args_info.output_arg);
  48   filter.SetFillPixelValue(args_info.value_arg);
  49
  50   if(!args_info.ellips_flag && !args_info.rect_flag) {
  51     std::cerr << "ERROR : No type of region specified!"<< std::endl;
  52     exit(-1);
  53   }
  54
  55   if(args_info.ellips_flag && args_info.rect_flag) {
  56     std::cerr << "ERROR : Multiple types of regions specified!"<< std::endl;
  57     exit(-1);
  58   }
  59
  60   if(args_info.rect_flag) {
  61     if (args_info.size_given && args_info.start_given) {
  62       // Check parameters
  63       if (args_info.size_given != dim) {
  64         std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  65         exit(-1);
  66       }
  67       if (args_info.start_given != dim) {
  68         std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  69         exit(-1);
  70       }
  71       filter.SetRegion(args_info.size_arg, args_info.start_arg);
  72     } else {
  73       std::cerr << "ERROR : both size and start should be given!"<< std::endl;
  74       exit(-1);
  75     }
  76   }
  77
  78   if(args_info.ellips_flag) {
  79
  80     std::vector<double> c, a;
  81     if (args_info.center_given) {
  82       if (args_info.center_given != dim) {
  83         std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --center should have the same number of values." << std::endl;
  84         exit(-1);
  85       }
  86       for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  87         c.push_back(args_info.center_arg[i]);
  88     }
  89
  90     if (args_info.axes_given) {
  91       if (args_info.axes_given != dim) {
  92         std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --axes should have the same number of values." << std::endl;
  93         exit(-1);
  94       }
  95       for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  96         a.push_back(args_info.axes_arg[i]);
  97
  98     } else
  99       for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 100         a.push_back(10.0);
 101
 102     if ((args_info.center_given))
 103       filter.SetSphericRegion(a,c);
 104     else
 105       filter.SetSphericRegion(a);
 106   }
 107
 108   filter.Update();
 109
 110   // this is the end my friend
 111   return 0;
 112 } // end main
 113
 114 #endif //define CLITKIMAGEREGIONFILL