tools/clitkImageResample.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGERESAMPLE_CXX
   2 #define CLITKIMAGERESAMPLE_CXX
   3 /**
   4    ------------------------------------------------=
   5    * @file   clitkImageResample.cxx
   6    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
   8    ------------------------------------------------=*/
   9
  10 // clitk
  11 #include "clitkImageResample_ggo.h"
  12 #include "clitkIO.h"
  13 #include "clitkImageResampleGenericFilter.h"
  14
  15 //--------------------------------------------------------------------
  16 int main(int argc, char * argv[]) {
  17
  18   // Init command line
  19   GGO(clitkImageResample, args_info);
  20   CLITK_INIT;
  21
  22   // Read input image header to check image dimension
  23   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  24   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  25   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  26
  27   // Print image info if verbose
  28   if (args_info.verbose_flag) {
  29     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  30     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  31     std::cout << std::endl;
  32   }
  33
  34   // Get input size/spacing
  35   std::vector<int>    inputSize;
  36   std::vector<double> inputSpacing;
  37   inputSize.resize(dim);
  38   inputSpacing.resize(dim);
  39   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  40     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  41     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  42   }
  43
  44   // Get options
  45   std::vector<int>    outputSize;
  46   std::vector<double> outputSpacing;
  47   outputSize.resize(dim);
  48   outputSpacing.resize(dim);
  49
  50   // Check options
  51   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  52     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  53     exit(0);
  54   }
  55
  56   // Check options
  57   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  58     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  59     exit(0);
  60   }
  61
  62   // Size is given and not spacing
  63   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  64     if (args_info.size_given != dim) {
  65       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  66       exit(0);
  67     }
  68     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  69       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  70         outputSize[i] = inputSize[i];
  71       else
  72         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  73       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  74     }
  75   }
  76
  77   // Spacing is given and not size
  78   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  79     if (args_info.spacing_given != dim) {
  80       if (args_info.spacing_given == 1) {
  81         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
  82       }
  83       else {
  84         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
  85         exit(0);
  86       }
  87     }
  88     else {
  89       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  90         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
  91           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
  92         else
  93           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
  94
  95       }
  96     }
  97     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  98       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
  99   }
 100
 101   if (args_info.verbose_flag) {
 102     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 103     DDV(outputSize,dim);
 104     DDV(outputSpacing,dim);
 105   }
 106
 107   // Get sigma option for Gaussian filter
 108   std::vector<double> sigma;
 109   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 110   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 111   if (args_info.gauss_given) {
 112     if (args_info.gauss_given != dim) {
 113       if (args_info.gauss_given == 1) {
 114         sigma.resize(dim);
 115         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 116       }
 117       else {
 118         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 119         exit(0);
 120       }
 121     }
 122   }
 123
 124   // Create a filter
 125   clitk::ImageResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::ImageResampleGenericFilter::New();
 126   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 127   filter->SetOutputSize(outputSize);
 128   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 129   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 130   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 131   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 132   if (args_info.gauss_given)
 133     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 134   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 135
 136   // Go !
 137   filter->Update();
 138
 139   // this is the end my friend
 140   return 0;
 141 }// end main
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143
 144 #endif  /* end #define CLITKIMAGERESAMPLE_CXX */