tools/clitkImageStatisticsGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  19 #define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkImageStatisticsGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkImageStatisticsGenericFilter.h"
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Constructor
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   ImageStatisticsGenericFilter::ImageStatisticsGenericFilter()
  41   {
  42     m_Verbose=false;
  43     m_InputFileName="";
  44   }
  45
  46
  47   //-----------------------------------------------------------
  48   // Update
  49   //-----------------------------------------------------------
  50   void ImageStatisticsGenericFilter::Update()
  51   {
  52     // Read the Dimension and PixelType
  53     int Dimension, Components;
  54     std::string PixelType;
  55     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType, Components);
  56
  57     if (m_ArgsInfo.channel_arg < -1 || m_ArgsInfo.channel_arg >= Components) {
  58       std::cout << "Invalid image channel" << std::endl;
  59       return;
  60     }
  61
  62     if (m_ArgsInfo.mask_given) {
  63       int maskDimension, maskComponents;
  64       std::string maskPixelType;
  65       ReadImageDimensionAndPixelType(m_ArgsInfo.mask_arg, maskDimension, maskPixelType, maskComponents);
  66       if (!(maskDimension == Dimension || maskDimension == (Dimension - 1))) {
  67         std::cout << "Dimension of label mask must be equal to the (d)imension of the input image or d-1." << std::endl;
  68         return;
  69       }
  70     }
  71
  72
  73     // Call UpdateWithDim
  74     if (Dimension==2) {
  75       switch (Components) {
  76         case 1:
  77           UpdateWithDim<2,1>(PixelType);
  78           break;
  79         case 2:
  80           UpdateWithDim<2,2>(PixelType);
  81           break;
  82         case 3:
  83           UpdateWithDim<2,3>(PixelType);
  84           break;
  85         default:
  86           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
  87           break;
  88       }
  89     }
  90     else if (Dimension==3) {
  91       switch (Components) {
  92         case 1:
  93           UpdateWithDim<3,1>(PixelType);
  94           break;
  95         case 2:
  96           UpdateWithDim<3,2>(PixelType);
  97           break;
  98         case 3:
  99           UpdateWithDim<3,3>(PixelType);
 100           break;
 101         default:
 102           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
 103           break;
 104       }
 105     }
 106     else if (Dimension==4) {
 107       switch (Components) {
 108         case 1:
 109           UpdateWithDim<4,1>(PixelType);
 110           break;
 111         case 2:
 112           UpdateWithDim<4,2>(PixelType);
 113           break;
 114         case 3:
 115           UpdateWithDim<4,3>(PixelType);
 116           break;
 117         default:
 118           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
 119           break;
 120       }
 121     }
 122     else {
 123       std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
 124       return;
 125     }
 126   }
 127
 128
 129 } //end clitk
 130
 131 #endif  //#define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx