tools/clitkInvertVFGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkInvertVFGenericFilter_txx
  19 #define clitkInvertVFGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkInvertVFGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-----------------------------------------------------------
  35   // Constructor
  36   //-----------------------------------------------------------
  37   template<class args_info_type>
  38   InvertVFGenericFilter<args_info_type>::InvertVFGenericFilter()
  39   {
  40     m_Verbose=false;
  41     m_InputFileName="";
  42   }
  43
  44
  45   //-----------------------------------------------------------
  46   // Update
  47   //-----------------------------------------------------------
  48   template<class args_info_type>
  49   void InvertVFGenericFilter<args_info_type>::Update()
  50   {
  51     // Read the Dimension and PixelType
  52     int Dimension;
  53     std::string PixelType;
  54     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  55
  56
  57     // Call UpdateWithDim
  58     if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  59     else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  60     // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  61     else
  62       {
  63         std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  64         return;
  65       }
  66   }
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template<class args_info_type>
  72   template<unsigned int Dimension>
  73   void
  74   InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  75   {
  76     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  77
  78     //    if(PixelType == "short"){
  79     //       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  80     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  81     //     }
  82     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  83     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  84     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  85     //     }
  86
  87     //     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  88     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  89     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  90     //     }
  91
  92     //     else if (PixelType == "char"){
  93     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  94     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  95     //     }
  96     //  else {
  97       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  98       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
  99       // }
 100   }
 101
 102
 103   //-------------------------------------------------------------------
 104   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 105   //-------------------------------------------------------------------
 106   template<class args_info_type>
 107   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 108   void
 109   InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 110   {
 111
 112     // ImageTypes
 113     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 114     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
 115
 116     // Read the input
 117     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 118     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
 119     reader->SetFileName( m_InputFileName);
 120     reader->Update();
 121     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
 122
 123     // Filter
 124     typename OutputImageType::Pointer output;
 125     switch (m_ArgsInfo.type_arg)
 126       {
 127
 128         // clitk filter
 129       case 0:
 130         {
 131           // Create the InvertVFFilter
 132           typedef clitk::InvertVFFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 133           typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 134           filter->SetInput(input);
 135           filter->SetVerbose(m_Verbose);
 136           if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
 137           if (m_ArgsInfo.pad_given)
 138             {
 139               PixelType pad;
 140               if (m_ArgsInfo.pad_given !=  (pad.GetNumberOfComponents()) )
 141                 pad.Fill(m_ArgsInfo.pad_arg[0]);
 142               else
 143                 for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 144                   pad[i]=m_ArgsInfo.pad_arg[i];
 145             }
 146           filter->SetThreadSafe(m_ArgsInfo.threadSafe_flag);
 147           filter->Update();
 148           output=filter->GetOutput();
 149
 150           break;
 151         }
 152
 153       case 1:
 154         {
 155           // Create the InverseDeformationFieldFilter
 156           typedef itk::InverseDeformationFieldImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 157           typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 158           filter->SetInput(input);
 159           filter->SetOutputOrigin(input->GetOrigin());
 160           filter->SetOutputSpacing(input->GetSpacing());
 161           filter->SetSize(input->GetLargestPossibleRegion().GetSize());
 162           filter->SetSubsamplingFactor(m_ArgsInfo.sampling_arg);
 163           filter->Update();
 164           output=filter->GetOutput();
 165
 166           break;
 167         }
 168
 169       }
 170
 171     // Output
 172     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 173     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 174     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 175     writer->SetInput(output);
 176     writer->Update();
 177
 178   }
 179
 180
 181 }//end clitk
 182
 183 #endif //#define clitkInvertVFGenericFilter_txx