tools/clitkLabelImageOverlapMeasureGenericFilter.txx

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   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 //--------------------------------------------------------------------
  20 template<class ArgsInfoType>
  21 clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  22 LabelImageOverlapMeasureGenericFilter():
  23   ImageToImageGenericFilter<Self>("LabelImageOverlapMeasure")
  24 {
  25   // Default values
  26   cmdline_parser_clitkLabelImageOverlapMeasure_init(&mArgsInfo);
  27   //InitializeImageType<2>();
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  37 InitializeImageType()
  38 {
  39   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template<class ArgsInfoType>
  46 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  47 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  48 {
  49   mArgsInfo=a;
  50   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  51   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  52   if (mArgsInfo.input1_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input1_arg);
  53   if (mArgsInfo.input2_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input2_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 template<class ArgsInfoType>
  62 template<class FilterType>
  63 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetLabel1(mArgsInfo.label1_arg);
  67   f->SetLabel2(mArgsInfo.label2_arg);
  68 }
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73 template<class ArgsInfoType>
  74 template<class ImageType>
  75 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  76 UpdateWithInputImageType()
  77 {
  78   // Reading input
  79   typename ImageType::Pointer input1 = this->template GetInput<ImageType>(0);
  80   typename ImageType::Pointer input2 = this->template GetInput<ImageType>(1);
  81
  82   // Create filter
  83   typedef clitk::LabelImageOverlapMeasureFilter<ImageType> FilterType;
  84   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  85
  86   // Set global Options
  87   filter->SetInput(0, input1);
  88   filter->SetInput(1, input2);
  89   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  90
  91   // Go !
  92   filter->Update();
  93
  94   // Write/Save results
  95   // typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  96   // this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  97 }
  98 //--------------------------------------------------------------------
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