tools/clitkRelativePosition.ggo

   1 #File clitkRelativePosition.ggo
   2 package "clitkRelativePosition"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Constraint a given mask image relatively to another object and an orientation"
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   6 section "General options"
   7 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   8 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
   9 option "verboseStep"    -       "Verbose each step"               flag          off
  10 option "writeStep"      w       "Write image at each step"        flag          off
  11 option "verboseOptions" -       "Display options values"          flag          off
  12 option "imagetypes"     -       "Display allowed image types"     flag          off
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  14 section "Input/Output"
  15 option "input"          i       "Input mask image filename"       string        yes
  16 option "object"         j       "Input mask object filename"      string        yes
  17 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  18
  19 section "Main options"
  20 option "orientation"    r       "L R A P I S (LeftRightAntPostInfSup)"          string no multiple      default="L"
  21 option "angle1"         a       "Angle 1 (deg)"                    double       no      default="0"
  22 option "angle2"         b       "Angle 2 (deg)"                    double       no      default="0"
  23 option "spacing"        s       "Resample before (faster) (-1 if not resampling"         double         default = "-1" no
  24 option "threshold"      t       "Fuzzy threshold"                  double       no default="0.6"
  25 option "inverse"        n       "Not flag : inverse of the orientation"     flag   off
  26 option "doNotRemoveObject"  -   "if flag is on, do not remove the object"   flag   off
  27 option "noAutoCrop"     c       "No auto crop at the end if set"            flag   off
  28 option "combineWithOr"  -       "Combine relpos map and support with OR"    flag   off
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  30 section "Slice by slice processing"
  31 option "sliceBySlice"   -       "Slice by slice relative position"          flag   off
  32 option "direction"      d       "If SbS, indicate the slice direction"      int    no default="2"
  33 option "uniqueCCL"      u       "Keep only one CC in each slice"            flag   off
  34 option "uniqueObjectCCL"      -       "Keep only one CC in each object slice"            flag   off
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