tools/clitkRelativePositionAnalyzerGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 //--------------------------------------------------------------------
  20 template<class ArgsInfoType>
  21 clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  22 RelativePositionAnalyzerGenericFilter():
  23   ImageToImageGenericFilter<Self>("RelativePositionAnalyzer")
  24 {
  25   // Default values
  26   cmdline_parser_clitkRelativePositionAnalyzer_init(&mArgsInfo);
  27   InitializeImageType<3>();
  28 }
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 template<class ArgsInfoType>
  34 template<unsigned int Dim>
  35 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  36 InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template<class ArgsInfoType>
  45 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  46 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  47 {
  48   mArgsInfo=a;
  49   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  50   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  51   if (mArgsInfo.support_given) AddInputFilename(mArgsInfo.support_arg);
  52   if (mArgsInfo.object_given) AddInputFilename(mArgsInfo.object_arg);
  53   if (mArgsInfo.target_given) AddInputFilename(mArgsInfo.target_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
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  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 template<class ArgsInfoType>
  63 template<class FilterType>
  64 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  65 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  66 {
  67   f->SetNumberOfBins(mArgsInfo.bins_arg);
  68   f->SetAreaLossTolerance(mArgsInfo.tol_arg);
  69   clitk::RelativePositionDirectionType d;
  70   if (mArgsInfo.angle1_given) d.angle1 = clitk::deg2rad(mArgsInfo.angle1_arg);
  71   if (mArgsInfo.angle2_given) d.angle2 = clitk::deg2rad(mArgsInfo.angle2_arg);
  72   if (mArgsInfo.inverse_given) d.notFlag = clitk::deg2rad(mArgsInfo.inverse_flag);
  73   f->SetDirection(d);
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template<class ArgsInfoType>
  82 template<class ImageType>
  83 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  84 UpdateWithInputImageType()
  85 {
  86   // Create filter
  87   typedef clitk::RelativePositionAnalyzerFilter<ImageType> FilterType;
  88   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  89
  90   // Reading input
  91   typename ImageType::Pointer support = this->template GetInput<ImageType>(0);
  92   typename ImageType::Pointer object = this->template GetInput<ImageType>(1);
  93   typename ImageType::Pointer target = this->template GetInput<ImageType>(2);
  94   filter->SetInputSupport(support);
  95   filter->SetInputObject(object);
  96   filter->SetInputTarget(target);
  97
  98   // Set global Options
  99   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 100
 101   // Go !
 102   filter->Update();
 103
 104   // Display output
 105   filter->GetInfo().Println();
 106   filter->GetInfoReverse().Println();
 107 }
 108 //--------------------------------------------------------------------
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