tools/clitkRelativePositionAnalyzerGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 //--------------------------------------------------------------------
  20 template<class ArgsInfoType>
  21 clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  22 RelativePositionAnalyzerGenericFilter():
  23   ImageToImageGenericFilter<Self>("RelativePositionAnalyzer")
  24 {
  25   // Default values
  26   cmdline_parser_clitkRelativePositionAnalyzer_init(&mArgsInfo);
  27   InitializeImageType<3>();
  28 }
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 template<class ArgsInfoType>
  34 template<unsigned int Dim>
  35 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  36 InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template<class ArgsInfoType>
  45 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  46 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  47 {
  48   mArgsInfo=a;
  49   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  50   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  51   if (mArgsInfo.support_given) AddInputFilename(mArgsInfo.support_arg);
  52   if (mArgsInfo.object_given) AddInputFilename(mArgsInfo.object_arg);
  53   if (mArgsInfo.target_given) AddInputFilename(mArgsInfo.target_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
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  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 template<class ArgsInfoType>
  63 template<class FilterType>
  64 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  65 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  66 {
  67   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  68   f->SetNumberOfBins(mArgsInfo.bins_arg);
  69   f->SetNumberOfAngles(mArgsInfo.nb_arg);
  70   f->SetAreaLossTolerance(mArgsInfo.tol_arg);
  71 }
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76 template<class ArgsInfoType>
  77 template<class ImageType>
  78 void clitk::RelativePositionAnalyzerGenericFilter<ArgsInfoType>::
  79 UpdateWithInputImageType()
  80 {
  81   // Create filter
  82   typedef clitk::RelativePositionAnalyzerFilter<ImageType> FilterType;
  83   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  84
  85   // Reading input
  86   typename ImageType::Pointer support = this->template GetInput<ImageType>(0);
  87   typename ImageType::Pointer object = this->template GetInput<ImageType>(1);
  88   typename ImageType::Pointer target = this->template GetInput<ImageType>(2);
  89   filter->SetInputSupport(support);
  90   filter->SetInputObject(object);
  91   filter->SetInputTarget(target);
  92
  93   // Set global Options
  94   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  95
  96   // Go !
  97   filter->Update();
  98
  99   // Display output
 100   std::string s;
 101   if (mArgsInfo.afdb_given) {
 102     NewAFDB(afdb, mArgsInfo.afdb_arg);
 103     std::string patient = afdb->GetTagValue("PatientID");
 104     std::string support;
 105     std::string object;
 106     if (mArgsInfo.objectName_given) object = mArgsInfo.objectName_arg;
 107     else object = mArgsInfo.object_arg;
 108     if (mArgsInfo.supportName_given) support = mArgsInfo.supportName_arg;
 109     else support = mArgsInfo.support_arg;
 110     s = patient+" "+support+" "+object+" ";
 111   }
 112   filter->Print(s, std::cout);
 113 }
 114 //--------------------------------------------------------------------
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