tools/clitkRelativePositionGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  24 RelativePositionGenericFilter():
  25   ImageToImageGenericFilter<Self>("RelativePosition")
  26 {
  27   // Default values
  28   cmdline_parser_clitkRelativePosition_init(&mArgsInfo);
  29   InitializeImageType<3>();
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 template<class ArgsInfoType>
  36 template<unsigned int Dim>
  37 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  38 InitializeImageType()
  39 {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  48 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.object_given) AddInputFilename(mArgsInfo.object_arg);
  55   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class FilterType>
  65 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  66 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  67 {
  68   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOptions_flag);
  69   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  70   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  71
  72   // Must be set before AddOrientationTypeString
  73   f->SetInverseOrientationFlag(mArgsInfo.inverse_flag);
  74
  75   for(uint i=0; i<mArgsInfo.orientation_given; i++) {
  76     f->AddOrientationTypeString(mArgsInfo.orientation_arg[i]);
  77   }
  78
  79   if (mArgsInfo.spacing_given) {
  80     f->IntermediateSpacingFlagOn();
  81     f->SetIntermediateSpacing(mArgsInfo.spacing_arg);
  82   }
  83   else {
  84     f->IntermediateSpacingFlagOff();
  85   }
  86
  87   f->SetFuzzyThreshold(mArgsInfo.threshold_arg);
  88   f->SetRemoveObjectFlag(!mArgsInfo.doNotRemoveObject_flag);
  89   f->SetAutoCropFlag(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
  90   f->SetCombineWithOrFlag(mArgsInfo.combineWithOr_flag);
  91 }
  92
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  95 //--------------------------------------------------------------------
  96 template<class ArgsInfoType>
  97 template<class ImageType>
  98 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  99 UpdateWithInputImageType()
 100 {
 101   // Reading input
 102   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 103   typename ImageType::Pointer object = this->template GetInput<ImageType>(1);
 104
 105   if (mArgsInfo.sliceBySlice_flag) {
 106     // Create filter
 107     typedef clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType> FilterType;
 108     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 109
 110     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 111     this->SetFilterBase(filter);
 112
 113     // Set global Options
 114     filter->SetInput(input);
 115     filter->SetInputObject(object);
 116     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 117
 118     // Set options only for SliceBySliceRelativePositionFilter
 119     filter->SetDirection(mArgsInfo.direction_arg);
 120     filter->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfo.uniqueCCL_flag);
 121     if (mArgsInfo.uniqueObjectCCL_flag) {
 122       filter->UseTheLargestObjectCCLFlagOn();
 123     }
 124     else {
 125       filter->UseTheLargestObjectCCLFlagOff();
 126     }
 127
 128     // Go !
 129     filter->Update();
 130
 131     // Write/Save results
 132     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 133     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 134   }
 135   else {
 136     // Create filter
 137     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType> FilterType;
 138     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 139
 140     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 141     this->SetFilterBase(filter);
 142
 143     // Set global Options
 144     filter->SetInput(input);
 145     filter->SetInputObject(object);
 146     if (mArgsInfo.angle1_given && mArgsInfo.angle2_given)
 147       filter->AddAnglesInDeg(mArgsInfo.angle1_arg, mArgsInfo.angle2_arg);
 148     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 149
 150     // Go !
 151     filter->Update();
 152
 153     // Write/Save results
 154     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 155     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 156   }
 157 }
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159
 160