tools/clitkSetBackgroundGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  19 #define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkSetBackgroundGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76   // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<float, Dimension> MaskImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  85
  86     // Read the mask
  87     typedef itk::ImageFileReader<MaskImageType> MaskReaderType;
  88     typename MaskReaderType::Pointer maskReader = MaskReaderType::New();
  89     maskReader->SetFileName( m_ArgsInfo.mask_arg);
  90     typename MaskImageType::Pointer mask= maskReader->GetOutput();
  91
  92     // Filter setting background
  93     typedef clitk::SetBackgroundImageFilter<InputImageType,MaskImageType, InputImageType> SetBackgroundFilterType;
  94     typename SetBackgroundFilterType::Pointer setBackgroundFilter = SetBackgroundFilterType::New();
  95     setBackgroundFilter->SetInput(input);
  96     setBackgroundFilter->SetInput2(mask);
  97     if(m_ArgsInfo.fg_flag)  setBackgroundFilter->SetForeground(m_ArgsInfo.fg_flag);
  98     if(m_ArgsInfo.maskValue_given)  setBackgroundFilter->SetMaskValue(m_ArgsInfo.maskValue_arg);
  99     if(m_ArgsInfo.outsideValue_given)  setBackgroundFilter->SetOutsideValue(m_ArgsInfo.outsideValue_arg);
 100     setBackgroundFilter->Update();
 101     typename InputImageType::Pointer output =setBackgroundFilter->GetOutput();
 102
 103     // Output
 104     typedef itk::ImageFileWriter<InputImageType> WriterType;
 105     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 106     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 107     writer->SetInput(output);
 108     writer->Update();
 109
 110   }
 111
 112
 113 }//end clitk
 114
 115 #endif //#define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx