tools/clitkSetOriginGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkSetOriginGenericFilter_txx
  19 #define clitkSetOriginGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkSetOriginGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   SetOriginGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==1)
  44       {
  45         if(PixelType == "short"){
  46           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  47           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  48         }
  49         //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  50         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  51         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  52         //     }
  53
  54         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  55           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  56           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  57         }
  58
  59         //     else if (PixelType == "char"){
  60         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  61         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  62         //     }
  63         else {
  64           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  65           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  66         }
  67       }
  68
  69     else if (Components==3)
  70       {
  71         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching transform in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  72         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  73       }
  74
  75     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  76
  77   }
  78
  79
  80   //-------------------------------------------------------------------
  81   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  82   //-------------------------------------------------------------------
  83   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  84   void
  85   SetOriginGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  86   {
  87
  88     // ImageTypes
  89     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  90     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  91
  92     // Read the input
  93     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  94     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  95     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  96     reader->Update();
  97     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  98
  99     // Origin
 100     typename InputImageType::PointType origin;
 101     origin.Fill(0.0);
 102
 103     // Like?
 104     if (m_ArgsInfo.like_given)
 105       {
 106         typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 107         typename InputReaderType::Pointer likeReader = InputReaderType::New();
 108         likeReader->SetFileName( m_ArgsInfo.like_arg);
 109         likeReader->Update();
 110         typename InputImageType::Pointer like= likeReader->GetOutput();
 111         origin=like->GetOrigin();
 112       }
 113     else
 114       {
 115         if (m_ArgsInfo.origin_given==Dimension)
 116           for(unsigned int i=0; i<Dimension;i++)
 117             origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 118         else
 119           for(unsigned int i=0; i<Dimension;i++)
 120             origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[0];
 121       }
 122     input->SetOrigin(origin);
 123
 124     // Output
 125     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 126     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 127     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 128     writer->SetInput(input);
 129     writer->Update();
 130
 131   }
 132
 133
 134 }//end clitk
 135
 136 #endif //#define clitkSetOriginGenericFilter_txx