tools/clitkTransformLandmarks.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkTransformLandmarks_ggo.h"
  19
  20 #include "clitkTransformUtilities.h"
  21 #include <string>
  22 #include <vector>
  23 #include <iostream>
  24 #include <fstream>
  25
  26 typedef itk::Matrix<double, 4, 4> MatrixType;
  27 typedef itk::Point<double, 4> PointType;
  28 typedef std::vector<PointType> PointArrayType;
  29 typedef itk::FixedArray<std::string, 2> TxtDataType;
  30 typedef std::vector<TxtDataType> TxtDataArrayType;
  31
  32
  33 void read_points_txt(const std::string& fileName, PointArrayType& points, TxtDataArrayType& data);
  34 void write_points_txt(const std::string& fileName, const PointArrayType& points, const TxtDataArrayType& data);
  35
  36 void read_points_pts(const std::string& fileName, PointArrayType& points);
  37 void write_points_pts(const std::string& fileName, const PointArrayType& points);
  38
  39 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output);
  40
  41
  42 bool verbose = false;
  43
  44 int main(int argc, char** argv)
  45 {
  46   GGO(clitkTransformLandmarks, args_info);
  47   verbose = args_info.verbose_flag;
  48
  49   MatrixType matrix = clitk::ReadMatrix3D(args_info.matrix_arg);
  50
  51   TxtDataArrayType data;
  52   PointArrayType inputPoints;
  53   if (strcmp(args_info.type_arg, "txt") == 0) {
  54     read_points_txt(args_info.input_arg, inputPoints, data);
  55   }
  56   else {
  57     read_points_pts(args_info.input_arg, inputPoints);
  58   }
  59
  60   PointArrayType outputPoints;
  61   transform_points(inputPoints, matrix, outputPoints);
  62
  63   if (strcmp(args_info.type_arg, "txt") == 0) {
  64     write_points_txt(args_info.output_arg, outputPoints, data);
  65   }
  66   else {
  67     write_points_pts(args_info.output_arg, outputPoints);
  68   }
  69
  70   return 0;
  71 }
  72
  73 void read_points_txt(const std::string& fileName, PointArrayType& points, TxtDataArrayType& data)
  74 {
  75   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
  76   if (landmarksFile.fail()) {
  77     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
  78     exit(-2);
  79   }
  80
  81   std::string line;
  82   std::getline(landmarksFile, line);
  83   if (line.find("LANDMARKS") == std::string::npos) {
  84     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
  85     exit(-3);
  86   }
  87
  88   PointType p;
  89   p.Fill(1);
  90
  91   TxtDataType d;
  92
  93   while (!landmarksFile.eof()) {
  94     // read id, x, y, z, d1, d2
  95     landmarksFile >> d[0] >> p[0] >> p[1] >> p[2] >> d[1];// >> d[2];
  96     if (landmarksFile.fail())
  97       break;
  98
  99     if (verbose){
 100       std::cout << "point " << p << std::endl;
 101       std::cout << "data " << " " << d[0] << " " << d[1] << std::endl;
 102     }
 103
 104     points.push_back(p);
 105     data.push_back(d);
 106   }
 107 }
 108
 109 void write_points_txt(const std::string& fileName, const PointArrayType& points, const TxtDataArrayType& data)
 110 {
 111   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
 112
 113   landmarksFile << "LANDMARKS1" << std::endl;
 114   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
 115     landmarksFile << data[i][0] << " " << points[i][0] << " " << points[i][1] << " " << points[i][2] << " " << data[i][1] << " " << std::endl;
 116 }
 117
 118 void read_points_pts(const std::string& fileName, PointArrayType& points)
 119 {
 120   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
 121   if (landmarksFile.fail()) {
 122     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
 123     exit(-2);
 124   }
 125
 126   std::string line;
 127   std::getline(landmarksFile, line);
 128   if (line.find("#X") != 0) {
 129     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
 130     exit(-3);
 131   }
 132
 133   PointType p;
 134   p.Fill(1);
 135
 136   while (!landmarksFile.eof()) {
 137     // read id, x, y, z, d1, d2
 138     landmarksFile >> p[0] >> p[1] >> p[2];
 139     if (landmarksFile.fail())
 140       break;
 141
 142     if (verbose){
 143       std::cout << "point " << p << std::endl;
 144     }
 145
 146     points.push_back(p);
 147   }
 148 }
 149
 150 void write_points_pts(const std::string& fileName, const PointArrayType& points)
 151 {
 152   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
 153
 154   landmarksFile << "#X\tY\tZ" << std::endl;
 155   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
 156     landmarksFile << points[i][0] << "\t" << points[i][1] << "\t" << points[i][2] << "\t" << std::endl;
 157 }
 158
 159 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output)
 160 {
 161   for (size_t i = 0; i < input.size(); i++) {
 162     output.push_back(matrix * input[i]);
 163   }
 164 }
 165