tools/clitkVFResample.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKVFRESAMPLE_CXX
  19 #define CLITKVFRESAMPLE_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageResample.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk
  28 #include "clitkImageResample_ggo.h"
  29 #include "clitkIO.h"
  30 #include "clitkVFResampleGenericFilter.h"
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 int main(int argc, char * argv[]) {
  34
  35   // Init command line
  36   GGO(clitkImageResample, args_info);
  37   CLITK_INIT;
  38
  39   // Read input image header to check image dimension
  40   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  41   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  42   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  43
  44   // Print image info if verbose
  45   if (args_info.verbose_flag) {
  46     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  47     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  48     std::cout << std::endl;
  49   }
  50
  51   // Get input size/spacing
  52   std::vector<int>    inputSize;
  53   std::vector<double> inputSpacing;
  54   inputSize.resize(dim);
  55   inputSpacing.resize(dim);
  56   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  57     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  58     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  59   }
  60
  61   // Get options
  62   std::vector<int>    outputSize;
  63   std::vector<double> outputSpacing;
  64   outputSize.resize(dim);
  65   outputSpacing.resize(dim);
  66
  67   // Check options
  68   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  69     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  70     exit(0);
  71   }
  72
  73   // Check options
  74   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  75     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  76     exit(0);
  77   }
  78
  79   // Size is given and not spacing
  80   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  81     if (args_info.size_given != dim) {
  82       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  83       exit(0);
  84     }
  85     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  86       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  87         outputSize[i] = inputSize[i];
  88       else
  89         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  90       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  91     }
  92   }
  93
  94   // Spacing is given and not size
  95   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  96     if (args_info.spacing_given != dim) {
  97       if (args_info.spacing_given == 1) {
  98         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
  99       }
 100       else {
 101         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
 102         exit(0);
 103       }
 104     }
 105     else {
 106       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 107         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
 108           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
 109         else
 110           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 111
 112       }
 113     }
 114     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 115       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
 116   }
 117
 118   if (args_info.verbose_flag) {
 119     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 120     DDV(outputSize,dim);
 121     DDV(outputSpacing,dim);
 122   }
 123
 124   // Get sigma option for Gaussian filter
 125   std::vector<double> sigma;
 126   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 127   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 128   if (args_info.gauss_given) {
 129     if (args_info.gauss_given != dim) {
 130       if (args_info.gauss_given == 1) {
 131         sigma.resize(dim);
 132         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 133       }
 134       else {
 135         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 136         exit(0);
 137       }
 138     }
 139   }
 140
 141   // Create a filter
 142   clitk::VFResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::VFResampleGenericFilter::New();
 143   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 144   filter->SetOutputSize(outputSize);
 145   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 146   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 147   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 148   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 149   if (args_info.gauss_given)
 150     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 151   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 152
 153   // Go !
 154   filter->Update();
 155
 156   // this is the end my friend
 157   return 0;
 158 }// end main
 159 //--------------------------------------------------------------------
 160
 161 #endif  /* end #define CLITKVFRESAMPLE_CXX */