tools/clitkVFResample.cxx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3 Program:   clitk
   4 Module:    $RCSfile: clitkVFResample.cxx,v $
   5 Language:  C++
   6 Date:      $Date: 2010/01/06 13:31:56 $
   7 Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9 Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10 l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11 http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15 PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 -------------------------------------------------------------------------*/
  18
  19 #ifndef CLITKVFRESAMPLE_CXX
  20 #define CLITKVFRESAMPLE_CXX
  21
  22 /**
  23    ------------------------------------------------=
  24    * @file   clitkImageResample.cxx
  25    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  26    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  27    ------------------------------------------------=*/
  28
  29 // clitk
  30 #include "clitkImageResample_ggo.h"
  31 #include "clitkIO.h"
  32 #include "clitkVFResampleGenericFilter.h"
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 int main(int argc, char * argv[]) {
  36
  37   // Init command line
  38   GGO(clitkImageResample, args_info);
  39   CLITK_INIT;
  40
  41   // Read input image header to check image dimension
  42   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  43   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  44   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  45
  46   // Print image info if verbose
  47   if (args_info.verbose_flag) {
  48     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  49     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  50     std::cout << std::endl;
  51   }
  52
  53   // Get input size/spacing
  54   std::vector<int>    inputSize;
  55   std::vector<double> inputSpacing;
  56   inputSize.resize(dim);
  57   inputSpacing.resize(dim);
  58   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  59     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  60     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  61   }
  62
  63   // Get options
  64   std::vector<int>    outputSize;
  65   std::vector<double> outputSpacing;
  66   outputSize.resize(dim);
  67   outputSpacing.resize(dim);
  68
  69   // Check options
  70   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  71     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  72     exit(0);
  73   }
  74
  75   // Check options
  76   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  77     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  78     exit(0);
  79   }
  80
  81   // Size is given and not spacing
  82   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  83     if (args_info.size_given != dim) {
  84       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  85       exit(0);
  86     }
  87     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  88       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  89         outputSize[i] = inputSize[i];
  90       else
  91         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  92       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  93     }
  94   }
  95
  96   // Spacing is given and not size
  97   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  98     if (args_info.spacing_given != dim) {
  99       if (args_info.spacing_given == 1) {
 100         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 101       }
 102       else {
 103         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
 104         exit(0);
 105       }
 106     }
 107     else {
 108       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 109         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
 110           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
 111         else
 112           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 113
 114       }
 115     }
 116     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 117       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
 118   }
 119
 120   if (args_info.verbose_flag) {
 121     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 122     DDV(outputSize,dim);
 123     DDV(outputSpacing,dim);
 124   }
 125
 126   // Get sigma option for Gaussian filter
 127   std::vector<double> sigma;
 128   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 129   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 130   if (args_info.gauss_given) {
 131     if (args_info.gauss_given != dim) {
 132       if (args_info.gauss_given == 1) {
 133         sigma.resize(dim);
 134         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 135       }
 136       else {
 137         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 138         exit(0);
 139       }
 140     }
 141   }
 142
 143   // Create a filter
 144   clitk::VFResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::VFResampleGenericFilter::New();
 145   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 146   filter->SetOutputSize(outputSize);
 147   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 148   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 149   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 150   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 151   if (args_info.gauss_given)
 152     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 153   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 154
 155   // Go !
 156   filter->Update();
 157
 158   // this is the end my friend
 159   return 0;
 160 }// end main
 161 //--------------------------------------------------------------------
 162
 163 #endif  /* end #define CLITKVFRESAMPLE_CXX */