tools/clitkValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter_txx
  19 #define clitkValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   ValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==1)
  44       {
  45         if(PixelType == "short"){
  46           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  47           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  48         }
  49         //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  50         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  51         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  52         //     }
  53
  54         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  55           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  56           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  57         }
  58
  59         //     else if (PixelType == "char"){
  60         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  61         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  62         //     }
  63         else {
  64           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  65           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  66         }
  67       }
  68
  69     else if (Components==3)
  70       {
  71         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  72         UpdateWithDimAndVectorType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  73       }
  74
  75     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  76   }
  77
  78
  79   //-------------------------------------------------------------------
  80   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  81   //-------------------------------------------------------------------
  82   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  83   void
  84   ValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  85   {
  86
  87     // ImageTypes
  88     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  89     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  90
  91     // Read the input
  92     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  93     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  94     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  95     reader->Update();
  96     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  97
  98     // Filter
  99     typedef itk::BSplineDecompositionImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 100     typename FilterType::Pointer filter=FilterType::New();
 101     filter->SetInput(input);
 102     filter->SetSplineOrder(m_ArgsInfo.order_arg);
 103     filter->Update();
 104     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 105
 106     // Output
 107     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 108     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 109     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 110     writer->SetInput(output);
 111     writer->Update();
 112
 113   }
 114
 115
 116   //-------------------------------------------------------------------
 117   // Update with the number of dimensions and the Vectortype
 118   //-------------------------------------------------------------------
 119   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 120   void
 121   ValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter::UpdateWithDimAndVectorType()
 122   {
 123
 124     // ImageTypes
 125     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 126     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
 127
 128     // Read the input
 129     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 130     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
 131     reader->SetFileName( m_InputFileName);
 132     reader->Update();
 133     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
 134
 135     // Filter
 136     typedef clitk::VectorBSplineDecompositionImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 137     typename FilterType::Pointer filter=FilterType::New();
 138     filter->SetInput(input);
 139     filter->SetSplineOrder(m_ArgsInfo.order_arg);
 140     filter->Update();
 141     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 142
 143     // Output
 144     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 145     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 146     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 147     writer->SetInput(output);
 148     writer->Update();
 149
 150   }
 151
 152
 153 }//end clitk
 154
 155 #endif //#define clitkValuesToBSplineCoefficientsGenericFilter_txx