tools/clitkVectorImageToImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkVectorImageToImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   VectorImageToImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==3)
  44       {
  45           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float..." << std::endl;
  46           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  47       }
  48     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  49   }
  50
  51
  52   //-------------------------------------------------------------------
  53   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  54   //-------------------------------------------------------------------
  55   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  56   void
  57   VectorImageToImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  58   {
  59     // ImageTypes
  60     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  61     typedef typename PixelType::ComponentType ComponentType;
  62     typedef itk::Image<ComponentType, Dimension> OutputImageType;
  63
  64     // Read the input
  65     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  66     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  67     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  68     reader->Update();
  69     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  70
  71     // Filter
  72     typedef clitk::VectorImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
  73     typename FilterType::Pointer filter=FilterType::New();
  74     filter->SetInput(input);
  75     filter->SetComponentIndex(m_ArgsInfo.componentIndex_arg);
  76     filter->Update();
  77     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
  78
  79     // Output
  80     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  81     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  82     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
  83     writer->SetInput(output);
  84     writer->Update();
  85
  86   }
  87
  88
  89 }//end clitk
  90
  91 #endif //#define clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx