vv/vvImageReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEREADER_CXX
  19 #define VVIMAGEREADER_CXX
  20
  21 #include <QApplication>
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageReader.txx"
  25
  26 //------------------------------------------------------------------------------
  27 vvImageReader::vvImageReader()
  28 {
  29   mImage = NULL;
  30   mInputFilenames.resize(0);
  31   mLastError = "";
  32   mType = UNDEFINEDIMAGETYPE;
  33 }
  34 //------------------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //------------------------------------------------------------------------------
  38 vvImageReader::~vvImageReader() { }
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //------------------------------------------------------------------------------
  43 void vvImageReader::Update()
  44 {
  45   Update(mType);
  46 }
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51 void vvImageReader::Update(LoadedImageType type)
  52 {
  53   itk::ImageIOBase::Pointer reader = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(mInputFilenames[0].c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  54   if (!reader) {
  55     mLastError="Unable to read file.";
  56   }
  57   else {
  58     reader->SetFileName(mInputFilenames[0]);
  59     reader->ReadImageInformation();
  60     if (mInputFilenames.size() > 1)
  61       Update(reader->GetNumberOfDimensions()+1,reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  62     else
  63       Update(reader->GetNumberOfDimensions(),reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  64   }
  65 }
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70 void vvImageReader::Update(int dim,std::string inputPixelType, LoadedImageType type) {
  71   //CALL_FOR_ALL_DIMS(dim,UpdateWithDim,inputPixelType);
  72   mType = type;
  73   mDim = dim;
  74   mInputPixelType=inputPixelType;
  75   this->start(); //Start heavy read operation in a separate thread
  76   while (this->isRunning())
  77     {
  78       qApp->processEvents();
  79       this->wait(50);
  80     }
  81 }
  82 //------------------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86 void vvImageReader::run()
  87 {
  88   switch(mDim)     {
  89   case 2:
  90     UpdateWithDim<2>(mInputPixelType);
  91     break;;
  92   case 3:
  93     UpdateWithDim<3>(mInputPixelType);
  94     break;;
  95   case 4:
  96     UpdateWithDim<4>(mInputPixelType);
  97     break;;
  98   default:
  99     std::cerr << "dimension unknown in Update ! " << std::endl;
 100   }
 101 }
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //------------------------------------------------------------------------------
 106 void vvImageReader::SetInputFilename(const std::string & filename)
 107 {
 108   mInputFilenames.resize(0);
 109   mInputFilenames.push_back(filename);
 110 }
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115 void vvImageReader::SetInputFilenames(const std::vector<std::string> & filenames) {
 116   mInputFilenames = filenames;
 117 }
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //------------------------------------------------------------------------------
 122 //Read transformation in NKI format (Xdr, transposed, cm)
 123 void vvImageReader::ReadNkiImageTransform()
 124 {
 125     bool bRead=true;
 126     typedef itk::ImageFileReader< itk::Image< double, 2 > > MatrixReaderType;
 127     MatrixReaderType::Pointer readerTransfo = MatrixReaderType::New();
 128     readerTransfo->SetFileName(mInputFilenames[0]+".MACHINEORIENTATION");
 129     try
 130     {   readerTransfo->Update();
 131     }
 132     catch( itk::ExceptionObject & err )
 133     {   bRead=false;
 134     }
 135
 136     if (bRead)
 137     {   double mat[16];
 138
 139         //Transpose matrix (NKI format)
 140         for(int j=0; j<4; j++)
 141             for(int i=0; i<4; i++)
 142                 mat[4*j+i]=readerTransfo->GetOutput()->GetBufferPointer()[4*i+j];
 143
 144         //From cm to mm
 145         for(int i=0; i<3; i++)
 146             mat[4*i+3]*=10;
 147
 148         //Set Transformation
 149         vtkSmartPointer<vtkTransform> pt = vtkSmartPointer<vtkTransform>::New();
 150         pt->SetMatrix( mat );
 151         pt->Inverse();
 152         mImage->SetTransform( pt );
 153     }
 154 }
 155 //------------------------------------------------------------------------------
 156 #endif
 157