vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24
  25 #include <QFileDialog>
  26 #include <QMessageBox>
  27 #include <QColorDialog>
  28
  29 #include <vtkLookupTable.h>
  30 #include <vtkRenderWindow.h>
  31
  32 //------------------------------------------------------------------------------
  33 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  34 // the main window menu.
  35 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  40   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  41    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  42    Ui::vvToolStructureSetManager()
  43 {
  44   // Setup the UI
  45   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  46   mTree->clear();
  47   mCurrentStructureSet = NULL;
  48   mCurrentStructureSetIndex = -1;
  49   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  50   mCurrentROIActor = NULL;
  51
  52   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  53   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  54     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  55     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  56     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  57     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  58     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  59   }
  60 #include "vvDefaultLut.h"
  61
  62   // Add input selector
  63   AddInputSelector("Select image");
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager()
  70 {
  71   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 void vvToolStructureSetManager::Initialize()
  78 {
  79   SetToolName("StructureSetManager");
  80   SetToolMenuName("StructureSet");
  81   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  82   SetToolTip("Display Structure Set.");
  83   SetToolExperimental(true);
  84 }
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 //------------------------------------------------------------------------------
  89 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  90 {
  91   // Hide the input selector
  92   QList<int> s;
  93   s.push_back(0);
  94   s.push_back(1);
  95   splitter->setSizes(s);
  96   // Connect open menus
  97   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  98
  99   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(openBinaryImage()));
 100
 101   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
 102
 103   // Seems that the following is not needed to refresh ...
 104   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
 105
 106   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(selectedItemChangedInTree()));
 107   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(visibleROIToggled(bool)));
 108   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(opacityChanged(int)));
 109   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(changeColor()));
 110 }
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer)
 116 {
 117   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 118   //DD(slicer);
 119   //DD(view);
 120   //DD(slices);
 121   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 122     if (i != slicer);
 123     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 124   }
 125 }
 126 //------------------------------------------------------------------------------
 127
 128
 129 //------------------------------------------------------------------------------
 130 void vvToolStructureSetManager::open(int type)
 131 {
 132   DD(type);
 133   switch (type) {
 134   case 0:
 135     openBinaryImage();
 136     return; // Open binary image;
 137   case 1:
 138     DD("TODO");
 139     return; // Open DICOM RT
 140   case 2:
 141     DD("TODO");
 142     return; // Open mesh
 143   default:
 144     std::cerr << "Error ????" << std::endl;
 145     exit(0);
 146   }
 147 }
 148 //------------------------------------------------------------------------------
 149
 150
 151 //------------------------------------------------------------------------------
 152 void vvToolStructureSetManager::addRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidgetItem * ww)
 153 {
 154   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 155   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 156   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 157   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 158   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 159   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 160     w->setBackground(i, brush);
 161   }
 162   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 163   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 164   // Connect ROI TreeWidget
 165   // TODO
 166 }
 167 //------------------------------------------------------------------------------
 168
 169
 170 //------------------------------------------------------------------------------
 171 void vvToolStructureSetManager::updateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s)
 172 {
 173   QTreeWidgetItem * ss;
 174   if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 175     // Main row item
 176     ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 177     //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 178     ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 179     ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 180     // Insert in list
 181     mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 182
 183     // Connect Structure TreeWidget
 184     // TODO
 185   } else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 186
 187   // Insert ROI
 188   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 189   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 190     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 191       addRoiInTreeWidget(rois[i], ss);
 192   }
 193 }
 194 //------------------------------------------------------------------------------
 195
 196
 197 //------------------------------------------------------------------------------
 198 int vvToolStructureSetManager::addStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet)
 199 {
 200
 201   // Create actor for this SS
 202   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 203   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 204   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 205
 206   // Insert in lists and get index
 207   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 208   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 209   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 210
 211   // Return index
 212   return index;
 213 }
 214 //------------------------------------------------------------------------------
 215
 216
 217 //------------------------------------------------------------------------------
 218 void vvToolStructureSetManager::openBinaryImage()
 219 {
 220   DD("openBinaryImage");
 221   // Select current StructureSet (or create)
 222   int index;
 223   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 224   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 225     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 226       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 227       index = addStructureSet(mStructureSet);
 228       DD(index);
 229     } else { // Get first SS
 230       index = 0;
 231     }
 232   } else {
 233     index = mCurrentStructureSetIndex;
 234   }
 235   DD(index);
 236   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 237   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 238   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 239   mCurrentStructureSetIndex = index;
 240   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 241   DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 242
 243   // Open images
 244   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 245   Extensions += ";;All Files (*)";
 246   QStringList filename =
 247     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 248                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 249   if (filename.size() == 0) return;
 250
 251   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 252   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 253     DD(filename[i].toStdString());
 254
 255     // Open Image
 256     //init the progress events
 257     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 258     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 259     std::vector<std::string> filenames;
 260     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 261     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 262     mReader->Update(IMAGE);
 263     QApplication::restoreOverrideCursor();
 264
 265     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 266       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 267       QString error = "Cannot open file \n";
 268       error += mReader->GetLastError().c_str();
 269       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 270       delete mReader;
 271       return;
 272     }
 273     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 274     //  delete mReader;
 275
 276     // Check Dimension
 277     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 278     DD(dim);
 279     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 280     DD(bin_dim);
 281     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 282       std::ostringstream os;
 283       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 284          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 285       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 286       return;
 287     }
 288
 289     // Add a new roi to the structure
 290     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 291     //DD(n);
 292     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 293
 294     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 295
 296     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 297     DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 298     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 299       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 300       DD(color[0]);
 301       DD(color[1]);
 302       DD(color[2]);
 303       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 304     }
 305
 306     // Add a new roi actor
 307     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 308   } // end loop on n selected filenames
 309
 310   // Update the TreeWidget
 311   updateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 312
 313   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 314   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 315     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 316   }
 317   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 318     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 319   }
 320 }
 321 //------------------------------------------------------------------------------
 322
 323
 324 //------------------------------------------------------------------------------
 325 void vvToolStructureSetManager::apply()
 326 {
 327   close();
 328 }
 329 //------------------------------------------------------------------------------
 330
 331
 332
 333 //------------------------------------------------------------------------------
 334 // CURRENT ROI INTERACTION
 335 //------------------------------------------------------------------------------
 336
 337
 338 //------------------------------------------------------------------------------
 339 void vvToolStructureSetManager::selectedItemChangedInTree()
 340 {
 341   DD("selectedItemChangedInTree");
 342
 343   // Search which roi is selected
 344   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 345   DD(l.size());
 346   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 347   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 348     mCurrentROIActor = NULL;
 349     mCurrentROI = NULL;
 350     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 351     return; // Search for SS (first)
 352   }
 353   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 354   //  DD(roi->GetName());
 355
 356   // Get selected roi actor
 357   if (mCurrentROIActor != NULL) {
 358     mCurrentROIActor->SetSelected(false);
 359     mCurrentROIActor->Update();
 360   }
 361
 362   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 363   mCurrentROI = roi;
 364   mCurrentROIActor = actor;
 365
 366   // Update GUI
 367   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 368   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 369   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 370
 371   // Warning -> avoir unuseful Render here by disconnect slider
 372   //
 373   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 374              this, SLOT(opacityChanged(int)));
 375   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 376   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 377   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 378           this, SLOT(opacityChanged(int)));
 379
 380   actor->SetSelected(true); // remove old selection
 381   // The following must not render !!
 382   DD("before update");
 383   actor->Update(); // To change in UpdateSelecte
 384   DD("after update");
 385
 386   mCurrentSlicerManager->Render();
 387 }
 388 //------------------------------------------------------------------------------
 389
 390
 391 //------------------------------------------------------------------------------
 392 void vvToolStructureSetManager::visibleROIToggled(bool b)
 393 {
 394   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 395 }
 396 //------------------------------------------------------------------------------
 397
 398
 399 //------------------------------------------------------------------------------
 400 void vvToolStructureSetManager::opacityChanged(int v)
 401 {
 402   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 403   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 404   mCurrentSlicerManager->Render();
 405 }
 406 //------------------------------------------------------------------------------
 407
 408
 409 //------------------------------------------------------------------------------
 410 void vvToolStructureSetManager::changeColor()
 411 {
 412   QColor color;
 413   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 414                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 415                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 416   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 417   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 418   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 419
 420   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 421   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 422                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 423                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 424   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 425   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 426     w->setBackground(i, brush);
 427   }
 428 }
 429 //------------------------------------------------------------------------------
 430
 431
 432
 433 //------------------------------------------------------------------------------
 434 //void vvToolStructureSetManager::getActorFromROI() {
 435 //  mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(n);
 436 //}
 437 //------------------------------------------------------------------------------
 438
 439