]> Creatis software - clitk.git/commitdiff
new gengetopt versions don't seem to like capital letters
authorschaerer <schaerer>
Fri, 3 Sep 2010 09:43:14 +0000 (09:43 +0000)
committerschaerer <schaerer>
Fri, 3 Sep 2010 09:43:14 +0000 (09:43 +0000)
43 files changed:
.vimrc
registration/clitkBLUTDIR.ggo
registration/clitkBSplineDeformableRegistration.ggo
registration/clitkBSplinePyramid.ggo
registration/clitkCalculateTRE.ggo
registration/clitkConvertBSplineDeformableTransformToVF.ggo
registration/clitkConvertPointList.ggo
registration/clitkDemonsDeformableRegistration.ggo
registration/clitkMatrixTransformToVF.ggo
registration/clitkMultiResolutionPyramid.ggo
registration/clitkPointTrajectory.ggo
registration/clitkResampleBSplineDeformableTransform.ggo
registration/clitkSelectPoints.ggo
registration/clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIR.ggo
tools/clitkBSplineCoefficientsToValues.ggo
tools/clitkBackProjectImage.ggo
tools/clitkChangeImageOrientation.ggo
tools/clitkCombineImage.ggo
tools/clitkComposeVF.ggo
tools/clitkConeBeamProjectImage.ggo
tools/clitkCropImage.ggo
tools/clitkDicomRTStructInfo.ggo
tools/clitkExtractSlice.ggo
tools/clitkFilter.ggo
tools/clitkFlipImage.ggo
tools/clitkGetDirection.ggo
tools/clitkGetOrigin.ggo
tools/clitkGetSize.ggo
tools/clitkGetSpacing.ggo
tools/clitkImageLog.ggo
tools/clitkImageMoment.ggo
tools/clitkImageStatistics.ggo
tools/clitkImageToVectorImage.ggo
tools/clitkImageWarp.ggo
tools/clitkMergeSequence.ggo
tools/clitkMirrorPadImage.ggo
tools/clitkPermuteAxes.ggo
tools/clitkSetDirection.ggo
tools/clitkSetOrigin.ggo
tools/clitkSetSpacing.ggo
tools/clitkVFConvert.ggo
tools/clitkValuesToBSplineCoefficients.ggo
tools/clitkVectorImageToImage.ggo

diff --git a/.vimrc b/.vimrc
index 97cf20f9b8ab76ae4ee5a3be96f6c0ded7e15e7b..216453c7c430d734e032406cb46e48321f4f1b41 100644 (file)
--- a/.vimrc
+++ b/.vimrc
@@ -6,5 +6,5 @@ set expandtab
 "set cino={.5s,e-.5s,^-.5s
 set shiftwidth=2
 
-set makeprg=${HOME}/workspace/cvs/clitk3/fast_make.sh
+set makeprg=${HOME}/clitk3/fast_make.sh
 set grepprg=clgrep
index 152c67f397e14ca4612b4b73c927886575944f04..5a98d1d16054effb8cb86d22a486786f92319246 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 11 Jan 2009 10.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Register 2 images using optimized BLUT FFD..."
+package "clitk"
+version "Register 2 images using optimized BLUT FFD..."
 
 option "config"                -       "Config file"                   string          no
 
index 285386069d59923d583401924165a5d7b2a2c9ad..f2fea650452875a205917ee207e9bcd73e7c8ec8 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 15 July 2008 16.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Register 2 images using optimized ITK FFD (high memory requirements) or BLUT FFD. Both implementations are provided, mainly for debugging purposes.."
+package "clitk"
+version "Register 2 images using optimized ITK FFD (high memory requirements) or BLUT FFD. Both implementations are provided, mainly for debugging purposes.."
 
 option "config"                -       "Config file"                   string          no
 
index 823135ee6d2c4e8f933b763ec17c8c175b7673b4..b907900b6f464cd3c180118a33370067e5124187 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkBSplinePyramid.ggo
-Package "clitkBSplinePyramid"
+package "clitkBSplinePyramid"
 version "1.0"
 purpose "Down (or Up) sample with a  factor 2 using Bspline pyramids. BSplineDownsampleImageFilter is BUGGED! See the ITK post of jvdmb@hotmail.com."
 
index 3a79d161cb665aa974ea084d847036b482d09b53..e6b42f694481561dfbb5bcba2276e22b7b710585 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkCalculateTRE.ggo
-Package "clitkCalculateTRE"
+package "clitkCalculateTRE"
 version "1.0"
 purpose "Calculate TRE: give a reference point list and 1 or more target point lists. In case of the latter, the number of DVF (or the size of the 4th D) given should match the number of lists. Use --shipFirst to skip the first phase of a 4D DVF. General summarizes for all points (mean, SD, max) in magnitude and par component. Tre and warp gives all values for all points. "
 
index 1ee3f8fd28c94dab499670d7927078c7770829b0..e20defbedb58cdd3ef048fac15bc5198767f4b5d 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkConvertBSplineDeformableTransformToVF.ggo
-Package "clitkConvertBSplineDeformableTransformToVF"
+package "clitkConvertBSplineDeformableTransformToVF"
 version "1.0"
 purpose "Convert a BSpline transform to a DVF with given properties"
 
index 9c7ac9e7ec2318a6a2517b6b954678c7e7cae50a..fe4505067d41b518ee9cb2dda6c786b7c4256705 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkConvertPointList.ggo
-Package "clitkConvertPointList"
+package "clitkConvertPointList"
 version "1.0"
 purpose "Convert IX point pair lists (generated using the software described in Murphy2008,MICCAI) to a vv point pair lists"
 
index bb5820742176d34b792c7c46f6501882cd72272f..60cefb10c24217ce9c5355fba545c7619a6193c9 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 13 Februari 2009 16.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Apply Demons registration between (2D or 3D) images..."
+package "clitk"
+version "Apply Demons registration between (2D or 3D) images..."
 
 
 option "config"                -       "Config file"                   string          no
index e30742f320e27c30439cd501a9d92d64fb5300ea..0feed946a890f3a0118204b238a0b728713879ae 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkMatrixTransformToVF.ggo
-Package "clitkMatrixTransformToVF"
+package "clitkMatrixTransformToVF"
 version "1.0"
 purpose "Convert a matrix to a DVF with given properties"
 
index 91f13bf538242936e6303184a913ccffe2da0009..28952ac312c1249fb7590ecaa7249cdd1b46cf52 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkMultiResolutionPyramid.ggo
-Package "clitkMultiResolutionPyramid"
+package "clitkMultiResolutionPyramid"
 version "1.0"
 purpose "Compute the multi-resolution (MR) image pyramid. The conventional filter will also modify the image at the original resolution, the recursive not. The spatio-temporal filters leave the last dimension untouched."
 
index b95e0c33b4f3908fc77e5482ea4f4977cecf906d..559d598a067ff3a539337732b06b2431aefc1c5b 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkPointTrajectory.ggo
-Package "clitkPointTrajectory"
+package "clitkPointTrajectory"
 version "1.0"
 purpose "Compute the cyclic trajectory of a point based input transform. The transform can be given by N lists of (manually identified) landmarks, a 4DDVF or a ST transform. Interpolation is performed between "
 
index 0dc6054618a97e11d1f8c166385f04dc59feceb2..1317332a2b8818d0ef7b657ad886b22502b242b8 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkResampleBSplineDeformableTransform.ggo
-Package "clitkResampleBSplineDeformableTransform"
+package "clitkResampleBSplineDeformableTransform"
 version "1.0"
 purpose "Resample the B-spline control point grid to given properties. Coefficients are resampled to values with the desired properties and reconverted to coefficients "
 
index 6c15fae703cded30e5a9153fc80c138095cd8c1b..692c8785f15c4c59c1a5bc5afb142e058c9f805f 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkSelectPoints.ggo
-Package "clitkSelectPoints"
+package "clitkSelectPoints"
 version "1.0"
 purpose "Perform a selection of points on the reference and target lists of points, based on criteria applied to the reference list."
 
index 43b7ea10772fad5029f002d681787c04b807203a..299de1b993f4cf6bfb77d1d9cb00a7595fdab698 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 15 Jan 2009 10.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Deform a volume to match a temporal sequence using a spatio-temporal deformation model. By setting the shape of the model, you modify the temporal constraints applied to the cyclic trajectory model."
+package "clitk"
+version "Deform a volume to match a temporal sequence using a spatio-temporal deformation model. By setting the shape of the model, you modify the temporal constraints applied to the cyclic trajectory model."
 
 option "config"                -       "Config file"                   string          no
 
index 41d66888959ea0a92278b2b674eee5f946ad1a9b..69d303b1d38db677ff5d5741a1040956b23cda01 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkBSplineCoefficientsToValues.ggo
-Package "clitkBSplineCoefficientsToValues"
+package "clitkBSplineCoefficientsToValues"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 12a2a6c439be1256a86fb6e56a382d36ca0432c8..24e1de1ca36dd1656c63821ad19d67431ffe9e53 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 24 February 2009 16.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Back project a 2D image with cone-beam geometry"
+package "clitk"
+version "Back project a 2D image with cone-beam geometry"
 
 option "config"                        -       "Config file"                     string        no
 
index 1470d136020b705a89d41d139c916d873f83b04c..ebda22c02542e82693e3be1303e1496a4fcf0309 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkChangeImageOrientation.ggo
-Package "clitkChangeImageOrientation"
+package "clitkChangeImageOrientation"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 9ad4023c296e2870f3bc1ac543ac63bb2559e05d..a8e7c17f36ed9da3575e42b4e351b80543a3c127 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkCombineImage.ggo
-Package "clitkCombineImage"
+package "clitkCombineImage"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index ac2b8dd5127ff2160d1b9913deda55914be0497e..52f3e20dc3dd32156f634cb839523d2b07db5f6e 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 20 August 16.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Read two vector fields (.mhd, .vf, ..) and compose them using linear interpolation"
+package "clitk"
+version "Read two vector fields (.mhd, .vf, ..) and compose them using linear interpolation"
 
 option "config"                        -       "Config file"                   string          no
 option "input1"                i       "Input1 VF filename"            string          yes
index 945b96d4d52d469a5329c8cbfff0da930cd52d96..9e9772e7911ab326fbd35ad95b179e6b1854d514 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 #File clitkConeBeamProjectImage.ggo
-Package "clitk"
-Version "Project a 3D image with cone-beam geometry"
+package "clitk"
+version "Project a 3D image with cone-beam geometry"
 
 option "config"                        -       "Config file"                     string        no
 
index d80892105f937613faf8979908a22e02edfdbb50..ce5eab1bf95eb33df9c375bb39411684a8d39298 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkCropImage.ggo
-Package "clitkCropImage"
+package "clitkCropImage"
 version "1.0"
 purpose "Reduce the image size by removing regions at the lower and upper end."
 
index 594de5d4253f36b25bc8f064a83bf8f79f990dd1..4d4021af6c088e28a1b89c1554cce3bdd2c1797c 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 # file clitkDicomRTStructInfo.ggo
-Package "clitk"
+package "clitk"
 version "Read and print DICOM RT Structure set file (contours)"
 
 option "config"                 - "Config file"                 string         no
index 9f247360f3e0a2396958bf752468dd3b678683ee..e963357a8bac83253c0b295862884bf29c52ac98 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkExtractSlice.ggo
-Package "clitkExtractSlice"
+package "clitkExtractSlice"
 version "1.0"
 purpose "Extract a slice: will collapse the dimension given by axe, retaining only the index given by slice."
 
index 6cceb75bd608b7459820bf5fbb35c0c38f92cb96..2eb2bc867f3540107c05713daf1de0f47d444074 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkFilter.ggo
-Package "clitkFilter"
+package "clitkFilter"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 9eabf27672c5503d46e5f9b104131909cf0def0c..f8d1a6350014f8570a0b21af5f023f2893c03ba1 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkFlipImage.ggo
-Package "clitkFlipImage"
+package "clitkFlipImage"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index a9c70a5180bd8d40f023d2b4eccd974611a9523b..91797992979ab079e8c4d641a02b32e930038034 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkGetDirection.ggo
-Package "clitkGetDirection"
+package "clitkGetDirection"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 221498d86bfce70adc9eea72e861b595b74911d7..4af7499f77e74dbddceb77e5860abd4d6b82e5a0 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkGetOrigin.ggo
-Package "clitkGetOrigin"
+package "clitkGetOrigin"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 7243283f3188f6b028f8e99f26f9ffe8ede327ec..2fbb51bce492918745e6341e5c0453e384f668c1 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkGetSize.ggo
-Package "clitkGetSize"
+package "clitkGetSize"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index f7a37e2967b6308558564d18b6120c54208c88b0..9cdb22547f3069729038ac8b3e8461e64914ecdd 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkGetSpacing.ggo
-Package "clitkGetSpacing"
+package "clitkGetSpacing"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 783549fdb31e46776f40e91c8877561acb2ca5b0..0f406823e8a1b112d1c8c23383c3cea2a8218253 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 # file clitkImageLog.ggo
-Package "clitk"
+package "clitk"
 version "Perform a inverse normalized log on the image"
 
 option "config"                 -      "Config file"                           string  no
index 4bdd3554a580c095bc5c6122abac150d642ae65f..12f8895c057229eb5326b923d28baaa351976e52 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkImageMoment.ggo
-Package "clitkImageMoment"
+package "clitkImageMoment"
 version "1.0"
 purpose "Calculate the image moment: the center of gravity"
 
index efc044d095ac639c6ebe7be0bcc22e5d229b1376..863dfbd2319364036fa1e30fe9e337f441eab8bf 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkImageStatistics.ggo
-Package "clitkImageStatistics"
+package "clitkImageStatistics"
 version "1.0"
 purpose "Compute statistics on an image, or on part of an image specified by a mask and label(s)"
 
index af0f0f555bbfa58b3a3e5608c918100329de880b..f9751a0135172d6622fba8bfb84bc812d92d0be4 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkImageToVectorImage.ggo
-Package "clitkImageToVectorImage"
+package "clitkImageToVectorImage"
 version "1.0"
 purpose "Compose 3 images to 1 vector image"
 
index a6c8853ee470428e0c54fd065d743c93d16c5438..520ff5299bf0d0feb785f7c054629dd93d3dd7f9 100644 (file)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 13 August 19.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Read an Image (short, char or float; 2D or 3D) and a vector field (float, 2D or 3D) and deform the input through backward or forward mapping."
+package "clitk"
+version "Read an Image (short, char or float; 2D or 3D) and a vector field (float, 2D or 3D) and deform the input through backward or forward mapping."
 
 option "config"                        -       "Config file"                                                                   string          no
 option "verbose"               v       "Verbose"                                                                       flag            off
index 5354c1f8bb5d6d56a7079556d4c1aea29173d0f2..179c03a636a42352dee84b8e7b105e332c749766 100755 (executable)
@@ -2,8 +2,8 @@
 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
 #Date : Tue 15 June 16.35 
 
-Package "clitk"
-Version "Read a series a nD images (unnamed inputs) and merge them to a (n+1)D image"
+package "clitk"
+version "Read a series a nD images (unnamed inputs) and merge them to a (n+1)D image"
 
 option "config"                        -       "Config file"                                                   string          no
 option "spacing"               s       "Spacing for the new dimension"                                 double          no      default="1"
index c02bf21c9f709fbbb2e8bafdfa3cdcc7d57809b1..5f7d6ee6a73630f87065e88992cda43b5e44b497 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkMirrorPadImage.ggo
-Package "clitkMirrorPadImage"
+package "clitkMirrorPadImage"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 32c2f6b6decf70730f33e3ef4a5097a57428e46f..7962ac42c79835eeea4621245e8245f8a1360f6f 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkPermuteAxes.ggo
-Package "clitkPermuteAxes"
+package "clitkPermuteAxes"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 45332bae495f1fa11ec3df65820b1ff0def691a0..f79a4f1171a848300183fee7215d4fc4d0688935 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkSetDirection.ggo
-Package "clitkSetDirection"
+package "clitkSetDirection"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 8f550d392e97056b155b5d49486f5a19b2f9e208..a2c3392a630d52e074f4961dbe64be74990a5ce1 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkSetOrigin.ggo
-Package "clitkSetOrigin"
+package "clitkSetOrigin"
 version "1.0"
 purpose "Set the origin field of a generic image"
 
index 1320c3e05065071a02e4b880d0c42d22c1097b35..5df58888ef79e4822c7a636e30a4729c64ff04c2 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkSetSpacing.ggo
-Package "clitkSetSpacing"
+package "clitkSetSpacing"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 32eec43b9d1286002dccbe940669b2c82ef76b5a..207ed66b1c5f3eecbc296f4b919d6cdd69d3ff44 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkVFConvert.ggo
-Package "clitkVFConvert"
+package "clitkVFConvert"
 version "1.0"
 purpose "Convert file format"
 
index 699f60a38317699d9e244ba3928b947c94d58654..f0590732cb85bcadf48176b6f50ab18355cb4669 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkValuesToBSplineCoefficients.ggo
-Package "clitkValuesToBSplineCoefficients"
+package "clitkValuesToBSplineCoefficients"
 version "1.0"
 purpose ""
 
index 8bca8edf8776082e90ce52f5521008c67b184f32..ecae271f03d6a4400ece13dce725854dad264cfb 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #File clitkVectorImageToImage.ggo
-Package "clitkVectorImageToImage"
+package "clitkVectorImageToImage"
 version "1.0"
 purpose "Extract a component image from a vector image"