Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove clitkBSplineDeformableRegistration from CMakeLists also...

Removed clitkBSplineDeformableRegistration which was not supported
anymore. Prefer using clitkBLUTDIR --itkbspline.

Added option itkbspline to use itk::BSpline instead of multilabels BLUTs

Added Get function for the vector of transforms

uint compilation error on Windows

Remove /lib from INSTALL_RPATH properties

- only needed on my computer with itkv4

Merge commit '488f24aa984ae24adc9458bf5fbf3b2351415742'

Conflicts:
registration/clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.txx

merge master

Attempt to make clitkBSplineDeformableRegistration work

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itk4 Renaming

- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters
- Call Transform constructor without OutputDimension parameter
- Rename m_Jacobian to m_SharedDataBSplineJacobian and declare it

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField when necessary

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Bug in clitkMedianTemporalDimension

- median taken was one position before or after the real median. results were actually unpredictable...
- also optimized the code a bit...

Limit uniformity test to first 3 dimensions (usually the spatial ones)
    to avoid problems when spacing was randomly assigned in 4th
    dimension

Allow unlinking of window/level of overlay, enable ctrl+w for local
windowing of fusion and overlay image

Added compression option to clitkImageConvert

[BUG] clitkImageInfo wasn't installed

- Replace clitkDicom2Image by clitkImageInfo CMakeLists

clitkTransformLandmarks

- can now transform using a matrix (file) and/or spacing (cmd line)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itkv4 migration: Rename DifferenceImageFilter to ComparisonImageFilter

itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform

bug in create_mid_masks-2.0.sh

- "source ./variables" was in the wrong place

registration script more robust to parallelization

- elastix's parameter file is now created with a suffix

more name conflicts

resolving script name conflicts

new midP related scripts

- they are also installed when make-installing

solved locale related bug

- problem appeared when opening dicom files in a "French" machine

Put in this file all commands related to S2RL

Add options for S3A

Add options for threshold

Add option for threshold

Add options for S3A

Finish first step of S3A.

renaming filetest name

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

test for binarizeImage FG, lower 0.1556

test --mode BG for binarizeImage

Remove unused variable

correct merge

first trial

 first version of Image2DicomRT (dos not work)

first version of UpdateDicomItem

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Use clitk version of the itkPasteImageFilter

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

Add a clitk version of itkPasteImageFilter because, with itkv4, there is a new VerifyInputInformation function that prevent filter to be used with images having different physical space, while I want to do that.

Change reading. Add possibility to update dicom info (before writing dicom)

Simplify (!) DicomRT reading. Store Reader to be able to write later.

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index.
Remplace GetROI with GetROIFromROINumber

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index

Change GetROI by GetROIFromROINumber

Indicate that --radius option is multiple. User can set one radius by dimension

Remove fucking windows ^M

tmpnam_s for windows

definition of test_Tool_Path

remove toolsTest using google framework

remove vvTests because of google framework...

removing warnings: unused variable, tmpnam

Update supports & stations 3A,3P

Add clitkDicomRTStruct2Image and clitkImage2DicomRTStruct

Add clitkImage2DicomRTStruct executable to convert a binary image into a dicom-rt struct

Add clitkImage2DicomRTStructFilter to convert an image into a dicom-rt-struct

Rename clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter into clitkDicomRTStruct2ImageFilter

Add Write function (still to be defined)

Rename clitkDicomRTStruct2BinaryImage in clitkDicomRTStruct2Image

Rename clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter into clitkDicomRTStruct2ImageFilter

Add RemoveTag

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add SliceBySliceSetBackgroundFromPoints, GetMinMaxBoundary, FillRegionWithValue

Change 3 by ImageDimension

obsolete since the user manually update his repo

The data repository must be cloned and pulled by the user

corrections for RPATH in clitk's make install

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

small changes in scripts

make install clitk (only what was built)

nightly start time is only needed when scripting.
No reasons to let it here

replaces round by itk:Math:Round (because round not found in Msvc2008)
replaces uint by clitk::uint because uint not available in windows
replaces typename outside template declaration (msvc compilation error)

create_mhd_4D

- avoid recusrive directory searches
+ find -maxdepth 1 ...

compilation of clitkPadImage

clitkExtractPatient's memory use...

...has been improved by releasing intermediate image data
- special cases may still use a lot of memory, but this is an ITK issue

fine tuning clitkPadImage

corrections in padding tool

add final opening

Add initial step: select BB supports.

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add post limits with VertebralBody and ant limits with Sternum.

add final opening

add final opening

Add final open

Add initialisation to avoid warning

Change default (bug): CCLSelection is off by default (we do not consider a single Connected Component Label in the object)

Correct bug: when crop is only performed along a single direction.

add initialisation to avoid warning

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Conflicts:
tests/tools/CMakeLists.txt